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Peptide restreint au CMH


Qu'est-ce qu'un peptide restreint au CMH ?

J'ai obtenu cette définition sur wikipédia, mais je ne peux pas extraire exactement ce que signifie l'expression peptide restreint par le CMH.

La reconnaissance d'antigènes restreints au CMH, ou restriction du CMH, fait référence au fait qu'une cellule T donnée ne reconnaîtra un antigène peptidique que lorsqu'il est lié à la propre molécule de CMH d'un organisme hôte. Normalement, comme les cellules T ne sont stimulées qu'en présence de molécules d'auto-CMH, l'antigène n'est reconnu que sous forme de peptides liés aux molécules d'auto-CMH.

Je n'ai pas étudié la biologie depuis 8 ans et maintenant je le fais parce que j'en ai besoin pour mes recherches. Donc, si quelqu'un peut le décrire dans un langage simple, ce serait très utile.


Tout d'abord, MHC signifie complexe majeur d'histocompatibilité. Il existe deux types de CMH.

Le CMH de type 1 est présent sur toutes nos cellules avec un noyau. Le but de ces complexes protéiques est appelé présentation de l'antigène. Les lymphocytes T ne peuvent pas reconnaître les antigènes libres par eux-mêmes, ils doivent leur être présentés de manière appropriée. C'est ce que font ces protéines. Dans chaque cellule, il y a beaucoup, beaucoup de protéines, qui sont digérées en petits polypeptides (courtes séquences d'acides aminés) par les protéases au cours du processus de recyclage naturel. La cellule prélève une petite partie de ces polypeptides et les présente à sa surface à travers des complexes MHC I, que le système immunitaire peut lire. C'est comme si la cellule disait au système immunitaire "Hé, j'ai ces protéines en moi". Maintenant, si la cellule est infectée (par un virus très probablement), alors les protéines de « l'attaquant » sont également digérées et présentées et c'est comme dire « hé, je suis infecté et l'attaquant a ces protéines ».

Le CMH II remplit une fonction similaire, mais il n'est présent que sur les cellules présentatrices d'antigène professionnelles (APC). Ces complexes présentent des peptides dérivés de protéines consommées et digérées par phagocytose ou endocytose médiée par des récepteurs. C'est comme dire "hé, nous avons un attaquant plus gros et il a ces protéines"

Ainsi, pour faire court, les lymphocytes T ne peuvent pas reconnaître les antigènes par eux-mêmes, ils doivent leur être présentés sur des complexes MHC et alors et seulement alors, ils peuvent être activés.

Edit : Une liste d'articles utiles sur le thème du traitement / présentation des antigènes pour plus de détails :

14 janvier 1998 14:59 Revues annuelles AR052-12 Annu. Rév. Immunol. 1998. 16:323-58 MÉCANISMES DE TRAITEMENT DES ANTIGÈNES RESTREINTS DU CMH DE CLASSE I Eric Pamer et Peter Cresswell

Cellule, Vol. 76, 287-299, 28 janvier 1994. Traitement d'antigène dépendant du CMH et présentation de peptides : fourniture de ligands pour l'activation des lymphocytes T

Terry Y Nakagawa, Alexaiider Y Kudensky Le rôle des protéinases lysosomales dans le traitement et la présentation des antigènes médiés par le CMH de classe Il
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Les cellules régulatrices CD4 + T reconnaissent les épitopes peptidiques restreints au CMH-II de l'apolipoprotéine B

Les lymphocytes T CD4+ jouent un rôle important dans l'athérosclérose, mais leur spécificité antigénique est mal comprise. L'immunisation avec l'apolipoprotéine B (ApoB, protéine centrale des lipoprotéines de basse densité) est connue pour être athéroprotectrice dans les modèles animaux. Ici, nous rapportons un peptide APOB humain, p18, qui est de séquence identique dans l'ApoB de souris et se lie à la fois à la souris et au MHC-II humain.

Méthodes

Nous avons construit des tétramères p18 pour détecter les cellules T spécifiques à APOB humaines et murines et analysé leur phénotype par cytométrie en flux, y compris les facteurs de transcription de la lignée CD4, les cytokines intracellulaires et l'activation du TCR. Apoe Les souris −/− ont été vaccinées avec le peptide p18 ou des adjuvants seuls et la charge athéroscléreuse dans l'aorte a été déterminée.

Résultats

Dans les cellules mononucléées du sang périphérique humain provenant de donneurs sans maladie cardiovasculaire (MCV), les cellules T CD4 + spécifiques de p18 détectées par un nouveau tétramère HLA-DR-p18 étaient principalement des cellules T régulatrices Foxp3 + (Tregs). Les donneurs atteints de MCV subclinique détectés par échographie de l'artère carotide avaient des Tregs co-exprimant RORγt ou T-bet qui étaient tous deux presque absents chez les donneurs sans MCV. Dans Apoe Souris −/−, immunisation avec des Tregs induits par p18 et réduction des lésions athéroscléreuses. Après restimulation peptidique, les cellules CD4 + T répondantes identifiées par Nur77-GFP étaient fortement enrichies en Tregs. Un nouveau tétramère I-A b -p18 de souris a identifié l'expansion des cellules T CD4 + spécifiques de p18 lors de la vaccination, qui ont été enrichies en Tregs produisant de l'IL-10.

Conclusion

Ces résultats montrent que les cellules CD4 + T spécifiques d'APOB p18 sont principalement des Tregs chez les donneurs sains, mais co-expriment d'autres facteurs de transcription de la lignée CD4 chez les donneurs atteints de MCV subclinique. Cette étude identifie le peptide ApoB 18 comme le premier épitope Treg dans l'athérosclérose humaine et murine.


Acte II : Restriction du CMH et concepts plus larges de spécificité immunologique

Les chercheurs ont clairement démontré qu'un TCR donné peut reconnaître la même molécule auto-MHC présentant plus d'un peptide antigénique nominal avec des affinités variables dépassant un certain seuil nécessaire pour permettre la transduction du signal via TCR/CD3 et l'activation cellulaire (3,37). Par conséquent, la spécificité du TCR pour l'antigène, telle que la spécificité de l'anticorps pour l'antigène, n'est pas absolue, comme indiqué précédemment dans la discussion des supertypes HLA et comme abordé plus tard dans la discussion sur la manière de concilier la restriction du CMH avec la puissance élevée des réponses allo-immunes à la fois par CD4 + et CD8 + cellules T.

Auparavant, j'ai proposé (14) que la spécificité immunologique est en fait une famille de concepts, y compris la spécificité définie par rapport à : (i) la reconnaissance monovalente, (ii) la reconnaissance multivalente, (iii) l'activation cellulaire et la fonction effectrice, et (iv) les critères d'évaluation qui sont le résultat du fonctionnement de tout le système immunitaire. En explorant ce concept, je me suis concentré sur les anticorps et les lymphocytes B. Je suggérerais maintenant qu'un cadre similaire peut être appliqué à la reconnaissance d'antigènes basée sur le TCR et aux cellules T.

Selon ce concept, il est intéressant d'étudier les deux amplitudes de liaison entre les domaines variables du TCR et les différents complexes MHC/peptide et de voir dans quelle mesure ils prédisent les mesures de l'activation et de la fonction des lymphocytes T. Les raisons de s'attendre à certains écarts par rapport à la corrélation absolue entre l'affinité de liaison du TCR et les phénotypes cellulaires impliquent non seulement les complexités de la transduction du signal via le complexe TCR/CD3, mais également les contributions à l'activation cellulaire de la transduction du signal via d'autres récepteurs à la surface des cellules T, tels que CD4 ou CD8, CD28 et de nombreuses autres glycoprotéines de surface cellulaire qui ont des ligands sur les cellules présentatrices d'antigène. Une autre façon d'énoncer ce point est que la spécificité telle qu'évaluée uniquement par des tests de liaison impliquant des ligands TCR et MHC/peptide peut différer de la spécificité telle qu'évaluée sur la base de mesures du comportement cellulaire.

Le point précédent est également cohérent avec les résultats d'expériences utilisant ce que l'on appelle des « ligands peptidiques modifiés », qui correspondent à des peptides antigéniques nominaux apparentés avec une ou un petit nombre de substitutions d'acides aminés. En 1991, Evavold et Allen ont démontré, à l'aide d'un modèle murin, que certains de ces peptides, lorsqu'ils sont présentés par la molécule du CMH de classe II appropriée à une population clonale de cellules CD4 + T spécifiques du même élément de restriction du CMH et du peptide apparenté, peuvent induire une gamme des réponses des cellules T qui diffèrent à un ou plusieurs égards des réponses induites par la reconnaissance du ligand MHC/peptide apparenté (8). Dans leurs expériences de 1991, la stimulation avec le complexe peptide modifié/antigène du CMH a provoqué la production de cytokines mais pas la prolifération clonale alors que la stimulation avec le ligand apparenté a provoqué à la fois la production de cytokines et la prolifération clonale.

Des travaux ultérieurs au cours des années depuis 1991 ont révélé que la stimulation des cellules T clonales par des ligands peptidiques altérés présentés par les molécules du CMH apparentées peut provoquer diverses réponses correspondant à divers types d'agonisme partiel à l'antagonisme de l'activation des cellules T (5). Par conséquent, les chercheurs de ces phénomènes ont déduit de manière appropriée que la transduction du signal à travers le complexe TCR-CD3 peut varier de diverses manières qui produisent des constellations distinctes de sorties fonctionnelles.

Un autre ensemble d'idées liées aux interactions moléculaires que j'ai explicitement appliquées à la façon dont les anticorps reconnaissent les antigènes peut également être appliquée à la reconnaissance des complexes MHC/peptide par les TCR. Dans une série de publications (13,16,17) commençant au début des années 1990, j'ai suggéré que le terme « épitope » peut être associé à au moins trois significations opérationnelles. Aux fins de cette discussion, je supposerai qu'à la fois le récepteur et le ligand sont des protéines composées d'acides aminés.

Ces trois sens de « épitope » dans le contexte de la restriction du CMH sont : (i) l'ensemble des résidus d'acides aminés du peptide HLA et de l'antigène nominaux qui mettent van der Waals en contact avec les résidus du TCR, (ii) l'ensemble des résidus du CMH/peptide qui contribuent substantiellement à l'énergie libre de la formation de complexes comme généralement évalué par la substitution d'acides aminés (un moyen utile mais pas toujours simple), et (iii) l'ensemble de résidus MHC/peptide qui contribuent substantiellement à l'énergie libre différentielle de la formation de complexes pour un donné le TCR lors de la comparaison des complexes MHC/peptide apparentés et non apparentés. La nécessité de la troisième définition découle en partie du fait qu'un résidu d'acide aminé du complexe MHC/peptide apparenté pourrait être faiblement contributif ou effectivement neutre en ce qui concerne l'énergie de l'interaction avec le TCR pertinent, mais un acide aminé différent à la même position dans le complexe MHC/peptide non apparenté peut s'opposer massivement à une interaction. Dans ce cas, le résidu en question dans le ligand apparenté est un composant sans importance de l'épitope au sens 2 mais critique au sens 3.

Une analyse complète de ces idées appliquées à la gamme complète des interactions TCR-MHC/peptide impliquant des antigènes standards ou nominaux ainsi que des alloantigènes majeurs et mineurs dépasse le cadre de cet article. Mon but ici était d'illustrer le lien entre mes idées sur les subtilités de la reconnaissance immunitaire et celles de Peter et Rolf sur la base de la spécificité des cellules T.


Les références

Zinkernagel, R. M. & Doherty, P. C. Restriction de la cytotoxicité in vitro à médiation par les cellules T dans la chorioméningite lymphocytaire dans un système syngénique ou semi-allogénique. La nature 248, 701–702 (1974).

Hedrick, S.M., Cohen, D.I., Nielsen, E.A. & amp Davis, M.M. Isolation de clones d'ADNc codant pour des protéines associées à la membrane spécifiques des cellules T. La nature 308, 149–153 (1984).

Yanagi, Y. et al. Un clone d'ADNc spécifique des cellules T humaines code pour une protéine ayant une homologie étendue avec les chaînes d'immunoglobuline. La nature 308, 145–149 (1984).

Rossjohn, J. et al. Reconnaissance par le récepteur d'antigène des lymphocytes T de molécules présentatrices d'antigène. Annu. Rév. Immunol. 33, 169–200 (2015).

Rudolph, M. G., Stanfield, R. L. & Wilson, I. A. Comment les TCR se lient aux CMH, aux peptides et aux corécepteurs. Annu. Rév. Immunol. 24, 419–466 (2006).

van der Merwe, P. A. & Dushek, O. Mécanismes de déclenchement des récepteurs des cellules T. Nat. Rév. Immunol. 11, 47–55 (2011).

Feng, D., Bond, C. J., Ely, L. K., Maynard, J. & Garcia, K. C. Preuve structurelle d'une interaction du complexe d'histocompatibilité majeure récepteur-cellule T codée dans la lignée germinale « codon ». Nat. Immunol. 8, 975–983 (2007). Cette étude fournit la première preuve structurelle du codon d'interaction.

Garcia, K.C., Adams, J.J., Feng, D. & Ely, L.K. La base moléculaire du biais de la lignée germinale TCR pour le CMH est étonnamment simple. Nat. Immunol. 10, 143–147 (2009).

Marrack, P., Scott-Browne, J.P., Dai, S., Gapin, L. & Kappler, J.W. Acides aminés conservés de manière évolutive qui contrôlent l'interaction TCR-MHC. Annu. Rév. Immunol. 26, 171–203 (2008).

Scott-Browne, J.P., White, J., Kappler, J.W., Gapin, L. & Marrack, P. Les acides aminés codés par Germline dans le récepteur des cellules T alphabeta contrôlent la sélection thymique. La nature 458, 1043–1046 (2009).

Yin, L., Scott-Browne, J., Kappler, J. W., Gapin, L. & Marrack, P. Les cellules T et leur obsession millénaire pour le CMH. Immunol. Tour. 250, 49–60 (2012).

Jerne, N. K. La génération somatique de la reconnaissance immunitaire. EUR. J. Immunol. 1, 1–9 (1971).

Rangarajan, S. & Mariuzza, R. A. Biais des récepteurs des cellules T pour le CMH : co-évolution ou co-récepteurs ? Cellule. Mol. Science de la vie. 71, 3059–3068 (2014).

Tikhonova, A.N. et al. les récepteurs des cellules T alphabeta qui ne subissent pas de sélection thymique spécifique au complexe majeur d'histocompatibilité possèdent des spécificités de reconnaissance de type anticorps. Immunité 36, 79–91 (2012).

Van Laethem, F. et al. La suppression des corécepteurs CD4 et CD8 permet la génération de cellules alphabetaT qui reconnaissent les antigènes indépendamment du CMH. Immunité 27, 735–750 (2007).Cette étude fournit des preuves de la théorie de la sélection de la reconnaissance TCR.

Van Laethem, F. et al. La disponibilité de Lck lors de la sélection thymique détermine la spécificité de reconnaissance du répertoire des cellules T. Cellule 154, 1326–1341 (2013).

Van Laethem, F., Tikhonova, A. N. & Singer, A. La restriction du CMH est imposée à un répertoire diversifié de récepteurs de cellules T par les co-récepteurs CD4 et CD8 pendant la sélection thymique. Tendances Immunol. 33, 437–441 (2012).

Yewdell, J. W. & Haeryfar, S. M. Comprendre la présentation des antigènes viraux aux cellules CD8 + T in vivo : la clé de la conception rationnelle d'un vaccin. Annu. Rév. Immunol. 23, 651–682 (2005).

Petersen, J., Purcell, A. & Rossjohn, J. Epitopes de cellules T modifiés post-traductionnellement : reconnaissance immunitaire et immunothérapie. J. Mol. Méd. 87, 1045–1051 (2009).

Godfrey, D. I., Uldrich, A. P., McCluskey, J., Rossjohn, J. & Moody, D. B. La famille en plein essor des cellules T non conventionnelles. Nat. Immunol. 16, 1114–1123 (2015).

Van Rhijn, I., Godfrey, D. I., Rossjohn, J. & Moody, D. B. Affichage des lipides et des petites molécules par CD1 et MR1. Nat. Rév. Immunol. 15, 643–654 (2015).

Rossjohn, J., Pellicci, D. G., Patel, O., Gapin, L. & Godfrey, D. I. Reconnaissance des antigènes restreints à CD1d par les cellules T tueuses naturelles. Nat. Rév. Immunol. 12, 845–857 (2012).

Bjorkman, P.J. et al. Structure de l'antigène d'histocompatibilité de classe I humain, HLA-A2. La nature 329, 506–512 (1987).

Burrows, S. R., Rossjohn, J. & McCluskey, J. Avons-nous coupé trop court dans la cartographie des épitopes CTL ? Tendances Immunol. 27, 11–16 (2006).

Brown, J. et al. Structure tridimensionnelle de l'antigène d'histocompatibilité de classe II humain HLA-DR1. La nature 364, 33–39 (1993).

Adams, E. J. & Luoma, A. M. Le pli du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) adaptable: structure et fonction des molécules non classiques et de type CMH de classe I. Annu. Rév. Immunol. 31, 529–561 (2013).

Henderson, K.N. et al. Une base structurelle et immunologique pour le rôle de l'antigène leucocytaire humain DQ8 dans la maladie cœliaque. Immunité 27, 23–34 (2007).

Smith, K.J. et al. Une position altérée de l'hélice alpha 2 du CMH de classe I est révélée par la structure cristalline de HLA-B*3501. Immunité 4, 203–213 (1996).

Tynan, F.E. et al. Structures à haute résolution d'épitopes viraux fortement bombés liés au complexe majeur d'histocompatibilité de classe I. Implications pour l'engagement des récepteurs des cellules T et l'immunodominance des cellules T. J. Biol. Chem. 280, 23900–23909 (2005).

Turner, S. J., Doherty, P. C., McCluskey, J. & Rossjohn, J. Déterminants structuraux du biais des récepteurs des cellules T dans l'immunité. Nat. Rév. Immunol. 6, 883–894 (2006).

Lefranc, M. P. IMGT, la base de données internationale ImMunoGeneTics. Acides nucléiques Res. 29, 207–209 (2001).

Davis, M. M. & Bjorkman, P. J. Gènes des récepteurs de l'antigène des cellules T et reconnaissance des cellules T. La nature 334, 395–402 (1988).

McDonald, B.D., Bunker, J.J., Erickson, S.A., Oh-Hora, M. & Bendelac, A. Les récepteurs des cellules T alphabeta à réactivité croisée sont les cibles prédominantes de la sélection négative des thymocytes. Immunité 43, 859–869 (2015).

Merkenschlager, M. et al. Combien de thymocytes auditionnent pour la sélection ? J. Exp. Méd. 186, 1149–1158 (1997).

Sinclair, C., Bains, I., Yates, A. J. & Seddon, B. La mort asymétrique des thymocytes sous-tend le rapport des lymphocytes T CD4:CD8 dans le système immunitaire adaptatif. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 110, E2905-E2914 (2013).

Zerrahn, J., Held, W. & Raulet, D. H. La réactivité du CMH du répertoire des cellules T avant la sélection positive et négative. Cellule 88, 627–636 (1997).

Huseby, E.S. et al. Comment le répertoire des cellules T devient spécifique des peptides et du CMH. Cellule 122, 247–260 (2005).

Ignatowicz, L., Kappler, J. & Marrack, P. Le répertoire des cellules T façonnées par un seul ligand MHC/peptide. Cellule 84, 521–529 (1996).

Chu, H. H., Moon, J. J., Kruse, A. C., Pepper, M. & Jenkins, M. K. La sélection négative et la chimie des peptides déterminent la taille des populations de cellules CD4 + T spécifiques au peptide étranger naïf-MHC classe II. J. Immunol. 185, 4705–4713 (2010).

Huseby, E.S., Crawford, F., White, J., Kappler, J. & Marrack, P. La sélection négative confère une spécificité peptidique au répertoire des cellules T matures. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 100, 11565–11570 (2003).

Turner, J.M. et al. L'interaction de la région N-terminale unique de la tyrosine kinase p56lck avec les domaines cytoplasmiques de CD4 et CD8 est médiée par des motifs de cystéine. Cellule 60, 755–765 (1990).

Veillette, A., Bookman, M. A., Horak, E. M. & Bolen, J. B. Les antigènes de surface des cellules T CD4 et CD8 sont associés à la tyrosine-protéine kinase p56lck de la membrane interne. Cellule 55, 301–308 (1988).

Artyomov, M. N., Lis, M., Devadas, S., Davis, M. M. & Chakraborty, A. K. La liaison des CD4 et CD8 aux molécules du CMH agit principalement pour améliorer la délivrance de Lck. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 107, 16916–16921 (2010).

Li, Q.J. et al. CD4 améliore la sensibilité des lymphocytes T à l'antigène en coordonnant l'accumulation de Lck au niveau de la synapse immunologique. Nat. Immunol. 5, 791–799 (2004).

Stepanek, O. et al. Le balayage des corécepteurs par le récepteur des cellules T fournit un mécanisme de tolérance des cellules T. Cellule 159, 333–345 (2014).

Scott-Browne, J.P. et al. Les caractéristiques conservées au cours de l'évolution contribuent à la spécificité des récepteurs des cellules ab t. Immunité 35, 526–535 (2011).

Holland, S.J. et al. Le récepteur des cellules T n'est pas câblé pour engager les ligands du CMH. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 109, E3111–E3118 (2012).

Silberman, D. et al. Souris mutantes du complexe majeur d'histocompatibilité de classe II pour étudier le biais de la lignée germinale des récepteurs antigéniques des lymphocytes T. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 113, E5608-E5617 (2016).

Garboczi, D.N. et al. Structure du complexe entre le récepteur des cellules T humaines, le peptide viral et HLA-A2. La nature 384, 134–141 (1996).

Garcia, K.C. et al. Une structure de récepteur de cellules T alphabeta à 2.5A et son orientation dans le complexe TCR-MHC. Science 274, 209–219 (1996). Les références 49 et 50 fournissent les premiers instantanés moléculaires de l'interaction TCR-pMHC.

Garcia, K.C. et al.Base structurelle de la plasticité dans la reconnaissance par les récepteurs des cellules T d'un antigène auto-peptide-MHC. Science 279, 1166–1172 (1998).

Ding, Y.H. et al. Deux récepteurs de lymphocytes T humains se lient selon un mode diagonal similaire au complexe peptidique HLA-A2/Tax en utilisant différents acides aminés du TCR. Immunité 8, 403–411 (1998).

Manning, T.C. et al. Mutagenèse par balayage à l'alanine d'un récepteur de cellules T alphabeta : cartographie de l'énergie de reconnaissance d'antigène. Immunité 8, 413–425 (1998).

Reinherz, E.L. et al. La structure cristalline d'un récepteur de cellule T en complexe avec le peptide et le CMH de classe II. Science 286, 1913–1921 (1999).

Reiser, J.B. et al. Une boucle CDR3beta du récepteur des cellules T subit des changements conformationnels d'une ampleur sans précédent lors de la liaison à un complexe peptide/CMH de classe I. Immunité 16, 345–354 (2002).

Reiser, J.B. et al. La flexibilité de la boucle CDR3 contribue à la dégénérescence de la reconnaissance TCR. Nat. Immunol. 4, 241–247 (2003).

Kjer-Nielsen, L. et al. Une base structurelle pour la sélection des récepteurs dominants des cellules T alphabeta dans l'immunité antivirale. Immunité 18, 53–64 (2003).

Stewart-Jones, G.B., McMichael, A.J., Bell, J.I., Stuart, D.I. & Jones, E.Y. Une base structurelle pour la reconnaissance des récepteurs des cellules T humaines immunodominantes. Nat. Immunol. 4, 657–663 (2003).

Archbold, J.K. et al. Le micropolymorphisme naturel dans les antigènes des leucocytes humains fournit une base pour le contrôle génétique de la reconnaissance des antigènes. J. Exp. Méd. 206, 209–219 (2009).

Deng, L. et al. Base structurelle pour la reconnaissance du soi mutant par un récepteur de cellules T restreint au CMH de classe II spécifique à la tumeur. Nat. Immunol. 8, 398–408 (2007).

Chen, J.L. et al. Base structurelle et cinétique de l'immunogénicité accrue des vaccins à cellules T. J. Exp. Méd. 201, 1243–1255 (2005).

Colf, L.A. et al. Comment un seul récepteur de cellule T reconnaît à la fois le CMH lui-même et le CMH étranger. Cellule 129, 135–146 (2007).

Macdonald, W.A. et al. Allorecognition des lymphocytes T par mimétisme moléculaire. Immunité 31, 897–908 (2009). Les références 62 et 63 décrivent la base moléculaire de l'alloréactivité des cellules T.

Hahn, M., Nicholson, M. J., Pyrdol, J. & Wucherpfennig, K. W. Topologie non conventionnelle de la liaison du complexe d'histocompatibilité peptide-majeur du soi par un récepteur de cellules T auto-immunes humaines. Nat. Immunol. 6, 490–496 (2005). Cette étude fournit le premier aperçu d'une interaction TCR-pMHC autoréactive.

Li, Y. et al. Structure d'un TCR auto-immun humain lié à un auto-peptide de la protéine basique de la myéline et à une molécule du CMH de classe II associée à la sclérose en plaques. EMBO J. 24, 2968–2979 (2005).

Borbulevych, O.Y. et al. Réactivité croisée des récepteurs des cellules T dirigée par un réglage dépendant de l'antigène de la flexibilité moléculaire du peptide-CMH. Immunité 31, 885–896 (2009).

Tynan, F.E. et al. Un récepteur de cellule T aplatit un peptide antigénique bombé présenté par une molécule de classe I du complexe majeur d'histocompatibilité. Nat. Immunol. 8, 268–276 (2007).

Tynan, F.E. et al. Reconnaissance par les récepteurs des lymphocytes T d'un peptide lié à la classe I du complexe majeur d'histocompatibilité «super bombé». Nat. Immunol. 6, 1114–1122 (2005).

Burrows, S.R. et al. Le câblage dur de la spécificité des récepteurs des cellules T pour le complexe majeur d'histocompatibilité est étayé par l'adaptabilité du TCR. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 107, 10608–10613 (2010).

Turner, S.J. et al. L'absence de caractéristiques importantes du complexe d'histocompatibilité peptide majeur limite la diversité du répertoire dans les populations de cellules CD8 + T spécifiques du virus. Nat. Immunol. 6, 382–389 (2005).

Day, E. B. et al. Base structurelle pour permettre la diversité des récepteurs des cellules T dans les réponses des cellules CD8 + T biaisées spécifiques au virus. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 108, 9536–9541 (2011).

Gras, S., Kjer-Nielsen, L., Burrows, S.R., McCluskey, J. & Rossjohn, J. Biais et immunité des récepteurs des cellules T. Cour. Avis. Immunol. 20, 119–125 (2008).

Borg, N.A. et al. Les régions CDR3 d'un récepteur immunodominant des cellules T dictent le «paysage énergétique» de la reconnaissance du peptide-CMH. Nat. Immunol. 6, 171–180 (2005).

Gras, S. et al. La mise en forme de la reconnaissance des récepteurs des cellules T par l'auto-tolérance. Immunité 30, 193–203 (2009).

Dai, S. et al. Les cellules T à réactivité croisée mettent en lumière les règles de la lignée germinale pour les interactions cellules-récepteurs [alpha][bêta] avec les molécules du CMH. Immunité 28, 324–334 (2008).

Blevins, S.J. et al. Comment l'adaptabilité structurelle existe aux côtés du biais HLA-A2 dans le répertoire du TCR alphabeta humain. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 113, E1276–E1285 (2016).

Berman, H.M. et al. La banque de données sur les protéines. Acides nucléiques Res. 28, 235–242 (2000).

Ladell, K. et al. Une base moléculaire pour le contrôle des variantes d'échappement pré-immunes par les cellules CD8 + T spécifiques du VIH. Immunité 38, 425–436 (2013).

Petersen, J. et al. Déterminants de la sélection des lymphocytes T spécifiques de la gliadine dans la maladie cœliaque. J. Immunol. 194, 6112–6122 (2015).

Broughton, S.E. et al. L'utilisation biaisée des récepteurs des cellules T dirigées contre les peptides de gliadine restreints à l'antigène leucocytaire humain DQ8 est associée à la maladie cœliaque. Immunité 37, 611–621 (2012).

Petersen, J. et al. Reconnaissance par les récepteurs des lymphocytes T des complexes HLA-DQ2-gliadine associés à la maladie cœliaque. Nat. Structurer. Mol. Biol. 21, 480–488 (2014).

Gras, S. et al. Une base structurelle pour une utilisation variée du αβTCR contre un antigène EBV immunodominant limité à une molécule HLA-B8. J. Immunol. 188, 311–321 (2012).

Gras, S. et al. Polymorphisme allélique dans le récepteur des cellules T et son impact sur les réponses immunitaires. J. Exp. Méd. 207, 1555–1567 (2010).

Sethi, D.K. et al. Un mode de liaison fortement incliné par un récepteur de cellules T auto-réactif entraîne un engagement modifié du peptide et du CMH. J. Exp. Méd. 208, 91–102 (2011).

Sethi, D.K., Gordo, S., Schubert, D.A. & amp Wucherpfennig, K.W. La réactivité croisée d'un TCR auto-immun humain est dominée par une seule boucle de TCR. Nat. Commun. 4, 2623 (2013).

Yin, L. et al. Un seul récepteur de cellules T lié aux glycoprotéines du complexe majeur d'histocompatibilité de classe I et de classe II révèle des conformères TCR commutables. Immunité 35, 23–33 (2011).Cet article décrit comment un TCR peut lier à la fois les molécules du CMH de classe I et du CMH de classe II.

Bulek, A.M. et al. Base structurelle pour la destruction des cellules bêta humaines par les cellules CD8 + T dans le diabète de type 1. Nat. Immunol. 13, 283–289 (2012).

Stewart-Jones, G.B. et al. Caractéristiques structurelles sous-jacentes à la sensibilité des récepteurs des lymphocytes T aux micropolymorphismes cachés du CMH de classe I. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 109, E3483–E3492 (2012).

Liu, Y.C. et al. Une base moléculaire pour l'interaction entre les cellules T, les mutants viraux et le micropolymorphisme de l'antigène leucocytaire humain. J. Biol. Chem. 289, 16688–16698 (2014).

Birnbaum, M.E. et al. Déconstruire la spécificité peptide-CMH de la reconnaissance des cellules T. Cellule 157, 1073–1087 (2014).

Cole, D.K. et al. La liaison aux récepteurs des cellules T auto-immunes des points chauds est à la base de la réactivité croisée entre les agents pathogènes et les peptides d'insuline. J. Clin. Investir. 126, 3626–3626 (2016).

Adams, J.J. et al. L'interaction structurelle entre les interactions de la lignée germinale et la reconnaissance adaptative détermine la bande passante de la réactivité croisée TCR-peptide-MHC. Nat. Immunol. 17, 87–94 (2015).

Adams, J.J. et al. La signalisation des récepteurs des lymphocytes T est limitée par la géométrie d'amarrage au complexe d'histocompatibilité peptide-majeur. Immunité 35, 681–693 (2011).

Stadinski, B.D. et al. Un rôle pour l'appariement différentiel de gènes variables dans la création de récepteurs de cellules T spécifiques pour des ligands d'histocompatibilité majeurs uniques. Immunité 35, 694–704 (2011).

Culshaw, A. et al. Le biais de la lignée germinale dicte la réactivité croisée des sérotypes dans une réponse commune des cellules CD8 + T spécifique au virus de la dengue. Nat. Immunol. 18, 1228–1237 (2017).

Van Braeckel-Budimir, N. et al. Un locus récepteur des cellules T abrite un gène de réponse immunitaire spécifique au paludisme. Immunité 47, 835–847 (2017).

Beringer, D.X. et al. Reconnaissance de polarité inversée des récepteurs des lymphocytes T d'un complexe majeur d'histocompatibilité auto-antigène. Nat. Immunol. 16, 1153–1161 (2015).

Gras, S. et al. L'amarrage inversé des récepteurs des cellules T sur un complexe majeur d'histocompatibilité de classe I limite l'implication dans la réponse immunitaire. Immunité 45, 749–760 (2016). Les références 97 et 98 mettent en évidence l'existence de topologies d'amarrage TCR-pMHC inversées.

Garcia, K. C. Réconciliation des points de vue sur le biais germinatif des récepteurs des cellules T pour le CMH. Tendances Immunol. 33, 429–436 (2012).

Parrish, H. L., Deshpande, N. R., Vasic, J. & Kuhns, M. S. Preuve fonctionnelle de la spécificité intrinsèque du TCR pour le MHCII. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 113, 3000–3005 (2016).

Yin, Y., Wang, X. X. & Mariuzza, R. A. Structure cristalline d'un complexe ternaire complet de récepteur de cellules T, de peptide-MHC et de CD4. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 109, 5405–5410 (2012).

Lui, Y. et al. Identification du site d'amarrage du CD3 sur la chaîne bêta du récepteur des cellules T par RMN en solution. J. Biol. Chem. 290, 19796–19805 (2015).

Li, Y., Yin, Y. & Mariuzza, R. A. Informations structurelles et biophysiques sur le rôle des CD4 et CD8 dans l'activation des lymphocytes T. Devant. Immunol. 4, 206 (2013).

Barnd, D.L., Lan, M.S., Metzgar, R.S. & amp Finn, O.J. Complexe d'histocompatibilité majeur spécifique-reconnaissance sans restriction des mucines associées aux tumeurs par les cellules T cytotoxiques humaines. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 86, 7159–7163 (1989).

Hanada, K., Wang, Q. J., Inozume, T. & Yang, J. C. Identification moléculaire d'un ligand indépendant du CMH reconnu par un récepteur des cellules T alpha/bêta humain. Du sang 117, 4816–4825 (2011).

Magarian-Blander, J., Ciborowski, P., Hsia, S., Watkins, S. C. & amp Finn, O. J. Événements intercellulaires et intracellulaires suite à la reconnaissance par le TCR sans restriction MHC d'un épitope peptidique spécifique de la tumeur sur l'antigène épithélial MUC1. J. Immunol. 160, 3111–3120 (1998).

Rao, A., Ko, W. W., Faas, S. J. & Cantor, H. Liaison de l'antigène en l'absence de protéines d'histocompatibilité par des clones de cellules T réactifs à l'arsonate. Cellule 36, 879–888 (1984).

Siliciano, R.F. et al. Preuve directe de l'existence de sites de liaison à l'antigène nominaux sur les hétérodimères Ti alpha-bêta de la surface des cellules T des clones de cellules T restreints au CMH. Cellule 47, 161–171 (1986).

Ferreira, M.A. et al. Les loci de traits quantitatifs pour le rapport lymphocytaire CD4:CD8 sont associés au risque de diabète de type 1 et au contrôle immunitaire du VIH-1. Un m. J. Hum. Genet. 86, 88–92 (2010).

Gulwani-Akolkar, B. et al. Les gènes HLA jouent-ils un rôle de premier plan dans la détermination de l'utilisation du segment V alpha des récepteurs des cellules T chez l'homme ? J. Immunol. 154, 3843–3851 (1995).

Klarenbeek, P.L. et al. La variation somatique des gènes des récepteurs des cellules T est fortement associée à la restriction de classe HLA. PLOS Un 10, e0140815 (2015).

Sim, B. C., Zerva, L., Greene, M. I. & Gascoigne, N. R. Contrôle de la restriction du CMH par TCR Valpha CDR1 et CDR2. Science 273, 963–966 (1996).

Rubelt, F. et al. Les différences héréditaires individuelles résultent en des répertoires cellulaires uniques de récepteurs lymphocytaires de cellules naïves et expérimentées avec des antigènes. Nat. Commun. 7, 11112 (2016).

Zviaguine, I.V. et al. Propriétés distinctives des répertoires de TCR de jumeaux identiques révélés par le séquençage à haut débit. Proc. Natl Acad. Sci. Etats-Unis 111, 5980–5985 (2014).

Emerson, R.O. et al. L'immunoséquençage identifie les signatures de l'historique d'exposition au cytomégalovirus et les effets médiés par HLA sur le répertoire des cellules T. Nat. Genet. 49, 659–665 (2017).

Sharon, E. et al. La variation génétique des protéines du CMH est associée à des biais d'expression des récepteurs des cellules T. Nat. Genet. 48, 995–1002 (2016).

Madi, A. et al. Les répertoires de récepteurs de cellules T de souris et d'humains sont regroupés dans des réseaux de similarité autour de séquences CDR3 publiques conservées. Évie 6, e22057 (2017).

Dash, P. et al. Des caractéristiques prédictives quantifiables définissent des répertoires de récepteurs de cellules T spécifiques d'un épitope. La nature 547, 89–93 (2017).

Glanville, J. et al. Identification des groupes de spécificité dans le répertoire des récepteurs des cellules T. La nature 547, 94–98 (2017). Les références 118 et 119 mettent en évidence la puissance de l'immunologie systémique pour identifier les caractéristiques prévisibles des réponses TCR.

Mayr, E. Cause et effet en biologie. Science 134, 1501–1506 (1961).

Altman, J.D. et al. Analyse phénotypique des lymphocytes T spécifiques de l'antigène. Science 274, 94–96 (1996).

Ding, Y. H., Baker, B. M., Garboczi, D. N., Biddison, W. E. & Wiley, D. C. Quatre structures A6-TCR/peptide/HLA-A2 qui génèrent des signaux de cellules T très différents sont presque identiques. Immunité 11, 45–56 (1999).

Reiser, J.B. et al. Structure cristalline d'un récepteur de cellule T lié à une molécule du CMH allogénique. Nat. Immunol. 1, 291–297 (2000).

Degano, M. et al. Un point chaud fonctionnel pour la reconnaissance d'antigène dans un complexe TCR/MHC superagoniste. Immunité 12, 251–261 (2000).

Moon, J.J. et al. La fréquence des cellules CD4 + T naïves varie pour différents épitopes et prédit la diversité du répertoire et l'amplitude de la réponse. Immunité 27, 203–213 (2007). Cette étude décrit l'enrichissement magnétique à base de tétramères, qui permet la détection de routine du CD4 spécifique de l'antigène + et CD8 + Cellules T d'individus naïfs.

Robins, H.S. et al. Évaluation complète de la diversité de la chaîne bêta des récepteurs des cellules T dans les cellules T alphabeta. Du sang 114, 4099–4107 (2009).

Dash, P. et al. Analyse appariée des chaînes TCRalpha et TCRbeta au niveau unicellulaire chez la souris. J. Clin. Investir. 121, 288–295 (2011).

Wang, G. C., Dash, P., McCullers, J. A., Doherty, P. C. & amp Thomas, P. G. La diversité des récepteurs alphabétiques des cellules T est en corrélation inverse avec les niveaux d'anticorps spécifiques aux agents pathogènes dans l'infection à cytomégalovirus humain. Sci. Trad. Méd. 4, 128ra142 (2012).

Kim, S.M. et al. Analyse des chaînes alpha et bêta du TCR appariées de cellules T humaines individuelles. PLOS UN 7, e37338 (2012). Les références 127-129 décrivent l'analyse de la chaîne et de la chaîne du TCR à partir de cellules individuelles chez la souris et l'homme.

Bolotin, D.A. et al. Séquençage de nouvelle génération pour le profilage du répertoire TCR : fonctionnalités et algorithmes de correction spécifiques à la plate-forme. EUR. J. Immunol. 42, 3073–3083 (2012).

Bolotin, D.A. et al. MiTCR : logiciel d'analyse des données de séquençage des récepteurs des cellules T. Nat. Méthodes 10, 813–814 (2013).

Turchaninova, M.A. et al. Appariement des chaînes réceptrices des lymphocytes T par PCR en émulsion. EUR. J. Immunol. 43, 2507–2515 (2013).

Howie, B. et al. Appariement à haut débit des séquences alpha et bêta des récepteurs des cellules T. Sci. Trad. Méd. 7, 301ra131 (2015).

Stubbington, M.J.T. et al. Destin des lymphocytes T et inférence de clonalité à partir de transcriptomes unicellulaires. Nat. Méthodes 13, 329–332 (2016).


Les peptides du CMH-I sortent du sillon et permettent un nouveau mécanisme d'échappement du VIH-1

Les molécules du complexe majeur d'histocompatibilité de classe I (MHC-I) jouent un rôle crucial dans l'immunité en capturant les peptides pour les présenter aux cellules T et aux cellules tueuses naturelles (NK). Les terminaisons peptidiques sont attachées dans le sillon de liaison à l'antigène du CMH-I, mais on ne sait pas si d'autres modes de présentation se produisent. Ici, nous montrons que 20% du répertoire de peptides HLA-B * 57:01 comprend des ensembles N-terminalement étendus caractérisés par un motif commun en position 1 (P1) à P2. Les structures de HLA-B*57:01 présentant des peptides à extension N-terminale, y compris l'épitope immunodominant HIV-1 Gag TW10 (TSTLQEQIGW), ont montré que l'extrémité N dépasse du sillon de liaison au peptide. Le mutant d'évasion commun TSNLQEQIGW a lié HLA-B*57:01 canoniquement, adoptant une conformation radicalement différente de celle du peptide TW10. Cela a affecté la reconnaissance par le récepteur de type immunoglobuline (KIR) des cellules tueuses (KIR) 3DL1 exprimé sur les cellules NK. Nous définissons ainsi une caractéristique auparavant non caractérisée de l'immunopeptidome de l'antigène leucocytaire humain de classe I (HLA-I) qui a des implications pour l'évasion immunitaire virale. Nous suggérons en outre que la reconnaissance de l'épitope HLA-B*57:01-TW10 est régie par une «tension moléculaire» entre les systèmes immunitaires adaptatif et inné.


Matériaux et méthodes d'amplification

Sélection des méthodes

Dans un premier temps, nous avons compilé une liste de toutes les méthodes de prédiction d'épitope de lymphocytes T CD8+ disponibles gratuitement en interrogeant Google et Google Scholar. Nous avons identifié 44 méthodes (tableau S1) qui disposaient d'algorithmes exécutables librement accessibles au public (à l'exclusion de ceux qui nous obligeaient à former un modèle de prédiction) et à l'exclusion des outils de prédiction commerciaux qui nous obligeaient à obtenir des licences. Parmi ces 44 méthodes, nous avons sélectionné celles qui disposaient de modèles entraînés disponibles pour les deux allèles de souris pour lesquels nous disposions de données de référence (H-2D b & H-2K b ). De plus, nous avons contacté les auteurs des méthodes sélectionnées et exclu celles que les auteurs souhaitaient explicitement exclure de l'analyse comparative pour différentes raisons (principalement parce que les méthodes n'avaient pas été mises à jour récemment ou qu'une nouvelle version des méthodes devait être publiée prochainement). La liste finale comprenait 15 méthodes qui ont été sélectionnées pour être incluses dans l'analyse comparative : ARB [9], BIMAS [2], IEDB Consensus [7], MHCflurry [10], MHCLovac [11], NetMHC-4.0 [12], NetMHCpan -3.0 [13], NetMHCpan-4.0 [14], PAComplex [15], PREDEP [16], ProPred1 [17], Rankpep [18], SMM [19], SMMPMBEC [20], SYFPEITHI [3]. Sur les 15 méthodes, NetMHCpan-4.0 a offert deux sorties différentes, la première étant l'affinité de liaison prédite d'un peptide (appelée NetMHCpan-4.0-B), et la seconde la probabilité prédite qu'un peptide soit un ligand en termes de un score de probabilité (NetMHCpan-4.0-L). Ces deux extrants ont été évalués séparément. De même, MHCflurry pourrait utiliser deux modèles différents, le premier formé avec uniquement des données de liaison (MHCflurry-B) et le second incorporant des données sur les peptides identifiés par spectrométrie de masse (MHCflurry-L). Ces deux modèles ont été évalués séparément. En les considérant comme des méthodes distinctes, 17 méthodes au total ont été incluses dans le benchmark et sont décrites plus en détail dans le tableau S1. Les méthodes différaient largement dans les longueurs de peptides qu'elles pouvaient prédire pour chaque allèle. Par exemple, alors que MHCLovac pouvait prédire les longueurs 7 à 13 pour les deux allèles, PAComplex ne pouvait prédire que 8-mères de H-2K b et aucune des longueurs dans le cas de H-2D b . Les méthodes différaient également par le type de scores de prédiction fournis, mais en fin de compte, elles représentaient toutes un score destiné à être en corrélation avec la probabilité qu'un peptide soit un épitope dans le contexte de la molécule MHC donnée. Une liste complète des longueurs de peptides autorisées pour la prédiction par allèle par chaque méthode et le type de scores de prédiction qu'elles fournissent sont données dans le tableau S2.

Ensemble de données des peptides VACV

Pour l'analyse de référence, nous avons utilisé l'ensemble de données sur les peptides décrit dans Croft et al., 2019 (tableau S3). Cet ensemble de données représentait un ensemble complet de peptides naturellement traités et élués à partir de cellules infectées par VACV en plus de tout épitope précédemment identifié. Le total de 220 peptides VACV a été testé pour les réponses immunitaires des lymphocytes T chez les souris infectées. Parmi ces peptides, 172 ont été élués à partir des molécules H-2D b et K b de cellules infectées par VACV, comme décrit en détail dans Croft et al., 2019. En bref, les cellules DC2.4 (dérivées de souris C57BL/6 [21] exprimant les molécules H-2 b du CMH ont été infectées par le VACV. Les molécules H-2D b et K b ont ensuite été isolées individuellement et les peptides liés ont été élués. Les peptides ont ensuite été analysés par chromatographie liquide à haute résolution-spectrométrie de masse en tandem (LC-MS /MS). Les peptides restants de l'ensemble n'ont pas été détectés par LC-MS/MS et comprenaient 46 peptides/épitopes restreints à H-2 b dérivés du VACV de l'IEDB [22] et un épitope entièrement non publié et un autre qui a été cartographié à partir de une séquence publiée plus longue [23] identifiée par le laboratoire de Tscharke.La réactivité immunitaire pour chacun de ces 220 peptides a ensuite été testée 8 fois et les peptides testés positifs plus de quatre fois ont été classés comme « épitopes majeurs » et ceux testés positifs quatre fois ou moins ont été classés comme « épitopes mineurs ». Tous les peptides qui n'ont jamais été positifs ont été classés comme « non immunogènes ». Il y avait 83 peptides classés comme « majeurs » positifs (tableau S3), d'une longueur de 7 à 13. En plus des 220 peptides testés pour l'immunogénicité, nous avons généré tous les peptides possibles de longueurs 7 à 13 à partir du protéome de référence VACV (https://www.uniprot.org/proteomes/UP000000344) (fichier S1), qui ont également été considérés comme non -immunogènes, étant donné qu'ils n'ont pas été trouvés dans les tests d'élution sur des cellules infectées, et n'ont été trouvés positifs dans aucune des nombreuses études enregistrées dans l'IEDB. L'ensemble de données complet comprenait 767 788 combinaisons peptide/allèle.

Évaluations des performances

La performance des méthodes de prédiction a été évaluée principalement en générant des courbes ROC (Courbe caractéristique de fonctionnement du récepteur) et en calculant l'AUCROC (Aire sous la courbe de la courbe ROC). La courbe ROC montre les performances d'un modèle de prédiction en traçant le taux de vrais positifs (TPR, fraction de vrais positifs sur tous les vrais positifs) par rapport au taux de faux positifs (FPR, fraction de faux positifs sur tous les vrais négatifs) comme le seuil du score prédit est varié. ASCROC est l'aire sous la courbe ROC qui résume les informations de la courbe et agit comme une valeur unique représentant les performances du système de classification. Un prédicteur dont la prédiction est équivalente à aléatoire aura un AUC = 0,5 alors qu'un prédicteur parfait aura AUC = 1,0. C'est-à-dire que plus l'AUC est proche de 1,0, meilleure est la méthode de prédiction. Les valeurs d'AUC ont d'abord été calculées sur différents ensembles de peptides regroupés par longueur et allèle séparément. Deuxièmement, les AUC globales ont été calculées en prenant des peptides de toutes longueurs et les deux allèles ensemble, ce qui reflète la facilité d'utilisation réelle d'avoir à décider quels peptides tester. Dans ce calcul, des scores médiocres ont été attribués aux peptides de longueurs pour lesquelles les prédictions n'étaient pas disponibles pour une méthode donnée. Par exemple, dans le cas de SMM, des valeurs numériques inférieures du score de prédiction indiquent de meilleurs candidats épitopes, avec des scores allant de 0 à 100. Ainsi, un score de 999 a été attribué à tous les peptides de longueurs pour lesquelles les prédictions n'étaient pas disponibles dans SMM ( longueurs 7, 12 et 13 pour les deux allèles). De même, un score de -100 a été attribué dans le cas de SYFPEITHI (H-2D b : 7-8, 11-13 H-2K b : 7, 9-13) où une valeur numérique plus élevée du score prédit indique un meilleur épitope candidat et le des notes allant de -4 à 32.

Pipeline entièrement automatisé pour générer des métriques d'analyse comparative

Le package Python scikit-learn [24] a été utilisé pour calculer les AUC et le package Python matplotlib [25] a été utilisé pour le traçage. Un script python qui peut générer tous les résultats et tracés ainsi que le fichier d'entrée contenant tous les peptides et leurs scores de prédiction de chaque méthode, catégorie d'immunogénicité, scores de réponse des lymphocytes T, les "scores de confiance ProteinPilot" représentant la confiance d'identification par spectrométrie de masse (MS) le niveau des peptides et le nombre de fois où les peptides ont été identifiés par MS sont fournis dans le référentiel GitLab (https://gitlab.com/iedb-tools/cd8-t-cell-epitope-prediction-benchmarking). Le référentiel contient également les sorties du script, c'est-à-dire les résultats et les tracés pertinents. Cela permettra aux utilisateurs intéressés de vérifier nos résultats et d'ajouter leurs propres algorithmes de prédiction.


Matériaux et méthodes

Récupération et analyses de séquences

Les séquences de 56 gènes du CMH de classe I (y compris les gènes prédits) de chauves-souris ont été extraites de la base de données NCBI (tableau S1). Les séquences des chaînes lourdes du CMH I des mammifères supérieurs ont été extraites de la base de données Immuno Polymorphism (IPD) (www.ebi.ac.uk/ipd/mhc) et de la base de données UniProt (www.uniprot.org). Des transcrits de marsupial (opossum, wallaby tammar, koala, diable de Tasmanie) et d'ornithorynque MHC I préalablement déposés ont été inclus dans ces analyses (tableau S1). Les alignements de séquences ont été générés avec ClustalX [48] et ESPript [49]. Les similitudes ont été calculées à l'aide de DNAMAN (https://www.lynnon.com/).

Les protéomes de 1 000 génomes du MERS-CoV et de 1 000 génomes du SRAS-CoV ont été extraits de GenBank, respectivement. Après alignement de séquence avec MAFFT, l'acide aminé dominant pour chaque site a été choisi comme séquence de référence. La fréquence de mutation = le nombre de mutations globales pour chaque acide aminé/(le nombre d'occurrences de l'acide aminé dans la séquence de référence × nombre total de séquences).

Synthèse peptidique et préparation de constructions d'expression

Pour cribler des peptides potentiels pour se lier à Ptal-N*01:01, les protéomes des virus liés aux chauves-souris EBOV (NP : GenBank n° AF054908.1 GP : GenBank n° AKG65250.1), MERS-CoV (GenBank n°. AXN92228.1), virus de type grippal H17N10 (A/petite chauve-souris à épaulettes jaunes/Guatemala/060/2010(H17N10)) et virus de type grippal H18N11 (A/chauve-souris à face plate/Pérou/033/2010(H18N11 )) ont été utilisées pour prédire les peptides candidats. Les peptides candidats ont été prédits et sélectionnés en fonction du motif récemment rapporté, par lequel les deux peptides de liaison Ptal-N*01:01, HeV1 et HeV2, dérivés de HeV ont également été synthétisés (tableau S2) [30]. Les scores de liaison potentiels des peptides sélectionnés ont également été prédits via le serveur en ligne NetMHCpan 4.0 (http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHCpan/) [50] et Rosetta FlexPepDock, qui est basé sur la modélisation de la structure [51 ,52], de sorte que nous préférons choisir des peptides conformes au motif de Ptal-N*01:01 [30]. La pureté du peptide a été déterminée comme étant supérieure à 95 % par HPLC analytique et spectrométrie de masse. Les peptides ont été stockés à -80°C sous forme de poudres lyophilisées et ont été dissous dans du DMSO avant utilisation.

Les ADNc de la chaîne lourde de P. alecto MHC I Ptal-N*01:01 (GenBank n° KT987929) [30] et bat β2m (GenBank n° XP_006920478.1) ont été synthétisés (Genewiz, Pékin, Chine). La séquence Ptal-N*01:01 a été déposée à GenBank par Wynne et ses collègues, et les peptides de liaison Ptal-N*01:01 HeV1 et HeV2 ont été identifiés dans leur étude [30]. Bien que Ng et ses collègues aient rapporté le premier Ptal-N*01:01 [29], la séquence n'est pas disponible en ligne. Pour étudier la fonction de Met 52 Asp 53 Leu 54 dans Ptal-N*01:01, un mutant appelé Ptal-N*01:01(-3aa) avec une délétion de ces trois acides aminés a été construit. Les produits amplifiés exprimant le domaine extracellulaire (résidus 1–277) de Ptal-N*01:01 et bat β2m (résidus 1-98) ont été clonés dans un vecteur pET28a (Novagen). Le plasmide d'expression pour le humain2m (résidus 1-99) a été précédemment construit dans notre laboratoire [53].

Repliage et purification des complexes de chauves-souris de classe I

La renaturation et la purification de Ptal-N*01:01 assemblé avec des peptides ont été réalisées comme décrit précédemment [54,55]. Généralement, chauve-souris MHC I Ptal-N*01:01 chaîne lourde et chauve-souris β2m ont été surexprimés en tant que corps d'inclusion dans la souche BL21(DE3) de Escherichia coli, et les corps d'inclusion purifiés des protéines ont été solubilisés dans du tampon guanidine-HCl 6 M avec une concentration de 30 mg/mL. Ensuite, injection et dilution de la chaîne lourde du CMH, β2m, et le peptide s'est produit à un rapport molaire de 1:1:3 dans le tampon de repliement (100 mM de Tris-HCl [pH 8], 2 mM d'EDTA, 400 mM de L-Arg, 0,5 mM de glutathion oxydé et 5 mM de glutathion réduit) [34]. Après 24 heures de repliement des protéines, les complexes Ptal-N*01:01 ont été concentrés et échangés dans un tampon de Tris-HCl 20 mM (pH 8) et NaCl 50 mM puis purifiés à l'aide d'un Superdex 200 16/60 HiLoad (GE Healthcare, Pékin, Chine) colonne d'exclusion de taille.

Cristallisation, collecte et traitement des données

La cristallisation a été réalisée en utilisant la technique de diffusion de vapeur en gouttes assises. Les complexes Ptal-N*01:01/peptide ont été criblés par le kit Crystal Screen I/II, le kit Index Screen, le kit PEGIon I/II et le kit PEGRx (Hampton Research). Les plaques ont été incubées à 291 K et 277 K et évaluées pour la croissance cristalline après 1 à 2 semaines. Des cristaux de Ptal-N*01:01/HeV1 ont été observés dans 0,2 M de NaCl, 0,1 M de Bis-Tris (pH 5,5) et 25 % (p/v) de polyéthylène glycol 3 350 à une concentration de 7,5 mg/mL. Ptal-N*01:01/HeV1(humain β2m) des cristaux ont été observés dans 0,1 M HEPES, pH 7,0, 2% p/v de polyéthylène glycol 3 350. chauve-souris monomère2m ont été cultivés dans 0,1 M de BIS-TRIS, pH 6,5, 8% p/v d'éther monométhylique de polyéthylèneglycol 5000. Des monocristaux de Ptal-N*01:01/HeV2 ont été cultivés dans du HEPES 0,075 M (pH 7,5), du polyéthylène glycol 10 000 à 15 % (p/v) et du glycérol à 25 % (v/v) à une concentration en protéines de 10 mg /mL. Des monocristaux de Ptal-N*01:01/EBOV-NP1 ont été cultivés dans de l'acide succinique 0,1 M (pH 7,0) et 15 % (p/v) de polyéthylène glycol 3 350. Des monocristaux de Ptal-N*01:01/EBOV-NP2 ont été cultivés dans de l'acétate d'ammonium 0,2 M, du Tris 0,1 M (pH 8,0) et du polyéthylène glycol 10 000 à 16 % (p/v). Des monocristaux de Ptal-N*01:01(-3aa)/HeV1 ont été cultivés dans du formiate de sodium 0,2 M et 20 % (p/v) de polyéthylène glycol 3 350. Des monocristaux de Ptal-N*01:01/H17N10-NP ont été cultivés dans HEPES 0,075 M (pH 7,5), 15 % (p/v) de polyéthylène glycol 10 000 et 25 % (v/v) de glycérol. Des monocristaux de Ptal-N*01:01/MERS-CoV-S3 ont été cultivés dans 0,2 M d'acétate de sodium trihydraté et 20 % (p/v) de polyéthylène glycol 3 350. Pour la cryoprotection, les cristaux ont été transférés dans des solutions de réservoir contenant 20 % de glycérol, puis refroidis dans un flux d'azote gazeux à 100 K. Les données de diffraction des rayons X ont été recueillies sur la ligne de lumière BL19U de l'installation de rayonnement synchrotron de Shanghai. Les statistiques de collecte de données sont présentées dans le tableau 1.

Détermination de la structure et analyses

Les intensités collectées ont ensuite été traitées et mises à l'échelle à l'aide du programme Denzo et du progiciel HKL2000 (HKL Research). Les structures ont été déterminées par remplacement moléculaire avec le programme Phaser MR dans CCP4 [56]. Le modèle utilisé était les coordonnées de la structure avec le code 5F1I de la Protein Data Bank (PDB) [35], et le raffinement restreint a été effectué à l'aide de REFMAC5 de CCP4. La construction de modèles extensifs a été réalisée à la main à l'aide de COOT [57]. La qualité stéréochimique du modèle final a été évaluée avec le programme REFINE dans Phenix ou CCP4 (Tableau 1). Les figures liées à la structure ont été générées à l'aide de PyMOL (http://www.pymol.org/) et COOT.

Détermination de la thermostabilité des protéines par spectroscopie CD

Les thermostabilités de Ptal-N*01:01 avec deux peptides clés de groupe ont été testées par spectroscopie CD. Tous les complexes ont été repliés, purifiés et mesurés à 0,2 mg/mL dans une solution de 20 mM de Tris (pH 8) et 50 mM de NaCl. Les spectres CD à 218 nm ont été mesurés sur un spectromètre Chirascan (Applied Photophysics) en utilisant une cuvette thermostatée à des intervalles de température de 0,2°C à une vitesse ascendante de 1°C/minute entre 20 et 90°C. La fraction dépliée (%) est exprimée sous la forme (θ−θune)/(θune−θb), oùune etb sont les valeurs moyennes d'ellipticité des résidus dans les états complètement plié et complètement déplié, respectivement. Les courbes de dénaturation ont été générées par ajustement non linéaire avec OriginPro 8.0 (OriginLab) [58]. Les Tm a été calculé en ajustant les données aux courbes de dénaturation et en utilisant des dérivés déterminant l'inflexion.


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Dans : PLoS Computational Biology, Vol. 16, n° 5, e1007757, 26.05.2020.

Résultats de recherche : Contribution à la revue › Article › Recherche › peer-review

T1 - Analyse comparative des prédictions d'épitopes de cellules T restreints au CMH de classe I dans un système modèle étudié de manière approfondie

Les candidats épitopes des cellules N2 - T sont couramment identifiés à l'aide d'outils de prédiction informatique afin de permettre des applications telles que la conception de vaccins, l'identification de néoantigènes cancéreux, le développement de diagnostics et l'élimination des réponses immunitaires indésirables contre les protéines thérapeutiques. La plupart des outils de prédiction d'épitopes de lymphocytes T sont basés sur des algorithmes d'apprentissage automatique entraînés sur la liaison du CMH ou sur des données d'élution de ligands du CMH naturellement traitées. La capacité des outils actuellement disponibles à prédire les épitopes des cellules T n'a pas été évaluée de manière exhaustive. Dans cette étude, nous avons utilisé un ensemble de données récemment publié qui définissait systématiquement les épitopes des lymphocytes T reconnus chez les souris C57BL/6 infectées par le virus de la vaccine (VACV) (exprimant H-2Db et H-2Kb), en considérant les deux peptides prédits pour se lier au CMH ou élués expérimentalement à partir de cellules infectées, ce qui en fait l'ensemble de données le plus complet d'épitopes de cellules T cartographiés dans un agent pathogène complexe. Nous avons évalué les performances de tous les outils informatiques de prédiction d'épitopes des lymphocytes T actuellement disponibles publiquement pour identifier ces épitopes majeurs à partir de tous les peptides codés dans le protéome du VACV. Nous avons constaté que toutes les méthodes étaient capables d'améliorer l'identification des épitopes au-dessus du hasard, avec les meilleures performances obtenues par les prédictions basées sur le réseau neuronal entraînées à la fois sur la liaison du CMH et les données d'élution du ligand du CMH (NetMHCPan-4.0 et MHCFlurry). De manière impressionnante, ces méthodes ont permis de capturer plus de la moitié des principaux épitopes dans les prédictions N = 277 supérieures parmi les prédictions N = 767 788 faites pour des peptides distincts de longueurs pertinentes qui peuvent théoriquement être codés dans le protéome VACV. Ces mesures de performance fournissent des conseils aux immunologistes quant aux méthodes de prédiction à utiliser et aux taux de réussite possibles pour les prédictions d'épitopes lorsqu'ils envisagent un système hautement contrôlé d'immunisations administrées à des souris consanguines. De plus, cette référence a été mise en œuvre dans un format ouvert et facile à reproduire, offrant aux développeurs un cadre pour de futures comparaisons avec de nouveaux outils.

AB - Les candidats épitopes des cellules T sont couramment identifiés à l'aide d'outils de prédiction informatique afin de permettre des applications telles que la conception de vaccins, l'identification de néoantigènes cancéreux, le développement de diagnostics et l'élimination des réponses immunitaires indésirables contre les protéines thérapeutiques. La plupart des outils de prédiction d'épitopes de lymphocytes T sont basés sur des algorithmes d'apprentissage automatique entraînés sur la liaison du CMH ou sur des données d'élution de ligands du CMH naturellement traitées. La capacité des outils actuellement disponibles à prédire les épitopes des cellules T n'a pas été évaluée de manière exhaustive. Dans cette étude, nous avons utilisé un ensemble de données récemment publié qui définissait systématiquement les épitopes des lymphocytes T reconnus chez les souris C57BL/6 infectées par le virus de la vaccine (VACV) (exprimant H-2Db et H-2Kb), en considérant les deux peptides prédits pour se lier au CMH ou élués expérimentalement à partir de cellules infectées, ce qui en fait l'ensemble de données le plus complet d'épitopes de cellules T cartographiés dans un agent pathogène complexe. Nous avons évalué les performances de tous les outils informatiques de prédiction d'épitopes des lymphocytes T actuellement disponibles publiquement pour identifier ces épitopes majeurs à partir de tous les peptides codés dans le protéome du VACV. Nous avons constaté que toutes les méthodes étaient capables d'améliorer l'identification des épitopes au-dessus du hasard, avec les meilleures performances obtenues par les prédictions basées sur le réseau de neurones formées à la fois sur la liaison du CMH et les données d'élution du ligand du CMH (NetMHCPan-4.0 et MHCFlurry). De manière impressionnante, ces méthodes ont permis de capturer plus de la moitié des principaux épitopes dans les prédictions N = 277 supérieures parmi les prédictions N = 767 788 faites pour des peptides distincts de longueurs pertinentes qui peuvent théoriquement être codés dans le protéome VACV. Ces mesures de performance fournissent des conseils aux immunologistes quant aux méthodes de prédiction à utiliser et aux taux de réussite possibles pour les prédictions d'épitopes lorsqu'ils envisagent un système hautement contrôlé d'immunisations administrées à des souris consanguines. De plus, cette référence a été mise en œuvre dans un format ouvert et facile à reproduire, offrant aux développeurs un cadre pour de futures comparaisons avec de nouveaux outils.


Ligands du CMH et motifs peptidiques : première liste

Achour, A., Picard, O., Zagury, D., Sarin, PS, Gallo, RC, Nagler, PH et Goldstein, AL HGP-30, un analogue synthétique du virus de l'immunodéficience humaine (VIH) (p17), est une cible pour les lymphocytes T cytotoxiques chez les individus infectés par le VIH. Proc Natl Acad Sci USA 87 : 7045–7049, 1990

Alsheiklhy, A. R. Interaction des cellules T cytotoxiques générées in vitro et in vivo avec l'antigène SV40 T - analyse avec des peptides synthétiques. Scand J Immunol 39 : 467–479, 1994

Altuvia, Y., Berzofsky, J. A., Rosenfeld, R. et Margalit, H. Caractéristiques de séquence qui sont en corrélation avec la restriction du CMH. Mol Immunol 31 : 1–19, 1994

Anderson, D. C., van Schoten, W. C. A., Barry, M. E., Janson, A. A. M., Buchanan, T. M. et De Vries, R. R. P. A Mycobacterium leprae-specific human T cell epitope cross-reactive with an HLA-DR2 peptide. Sciences 242 : 259, 1988

Banks, T. A., Nair, S. et Rouse, B. T. Reconnaissance par et induction in vitro de lymphocytes T cytotoxiques contre les épitopes prédits de la protéine ICP27 immédiate précoce du virus Herpes-Simplex. J Virol 67 : 613–616, 1993

Bastin, J., Rothbard, J., Davey, J., Jones, I. et Townsend, A. Utilisation de peptides synthétiques de nucléoprotéines de la grippe pour définir des épitopes reconnus par les lymphocytes T cytotoxiques restreints de classe I. J Exp Med 165 : 1508–1523, 1987

Beauverger, P., Buckland, R. et Wild, T. F. Les antigènes du virus de la rougeole induisent à la fois des lymphocytes T cytotoxiques cytotoxiques à réaction croisée spécifiques au type et au virus de la maladie de Carré chez la souris : localisation d'un épitope nucléoprotéique commun restreint à L d. J Gen Virol 74 : 2357–2363, 1993

Beauverger, P., Buckland, R. et Wild, F. L'hémagglutinine de la rougeole induit une réponse des lymphocytes T cytotoxiques CD8 + restreints en Ld à deux épitopes spécifiques. Virologie 200 : 281–283, 1994

Bednarek, M. A., Sauma, S. Y., Gammon, M. C., Porter, G., Tamhankar, S., Williamson, A. R. et Zweerink, H. J. L'épitope peptidique minimum de la protéine matricielle de la grippe. Charge extra et intracellulaire de HLA-A2. J Immunol 147 : 4047–4053, 1991

Bergmann, C., McMillan, M. et Stohlman, S. Caractérisation de l'épitope de lymphocytes T cytotoxiques restreint à L d dans la protéine de nucléocapside du virus de l'hépatite de souris. J Virol 67 : 7041–7049, 1993a

Bergmann, C., Stohlmann, S. A. et McMillan, M. Un peptide décamer synthétisé de manière endogène amorce efficacement les cellules T cytotoxiques spécifiques de la glycoprotéine d'enveloppe du VIH-1. Eur J Immunol 23 : 2777-2781, 1993b

Bertoletti, A., Chisari, FV, Penna, A., Guilhot, S., Galati, L., Missale, G., Fowler, P., Schlicht, HJ, Vitiello, A., Chesnut, RC, Fiaccadori, F ., et Ferrari, C. Définition d'un épitope de cellule T cytotoxique optimal minimal dans la protéine de nucléocapside du virus de l'hépatite B. J Virol 67 : 2376–2380, 1993

Bertoletti, A., Costanzo, A., Chisari, FV, Levrero, M., Artini, M., Sette, A., Penna, A., Giuberti, T., Fiaccadori, F. et Ferrari, C. Cytotoxic Réponse des lymphocytes T à un épitope du virus de l'hépatite B de type sauvage chez des patients chroniquement infectés par des virus variants portant des substitutions au sein de l'épitope. J Exp Med 180 : 933–943, 1994

Blum-Tirouvanziam, U., Beghdadi-Rais, C., Roggero, MA, Valmori, D., Bertholet, S., Bron, C., Fasel, N. et Corradin, G. Élicitation de cellules T cytotoxiques spécifiques par immunisation avec des polypeptides synthétiques solubles contre le paludisme. J Immunol 153 : 4134–4141, 1994

Bodmer, JG, Marsh, SGE, Albert, ED, Bodmer, WF, Dupont, B., Erlich, HA, Mach, B., Mayr, WR, Parham, P., Sasazuki, T., Schreuder, GMT, Strominger, JL, Svejgaard, A. et Terasaki, PI Nomenclature pour les facteurs du système HLA, 1994. Antigènes tissulaires 44 : 1–18, 1994

Bogen, B., Snodgrass, R., Briand, J. P. et Hannestad, K. Les peptides synthétiques et le réarrangement du gène de la chaîne bêta révèlent un répertoire diversifié de lymphocytes T pour une troisième région hypervariable de la chaîne légère lambda. Eur J Immunol 16 : 1379–1384, 1986

Bonneau, R.H., Salvucci, L.A., Johnson, D.C. et Tevethia, S.S.Spécificité d'épitope des clones de lymphocytes T cytotoxiques restreints à H-2Kb, réactifs croisés HSV-1 et réactifs croisés HSV-2. Virologie 195 : 62–70, 1993

Braciale, T.J., Braciale, V.L., Winkler, M., Stroynowski, I., Hood, L., Sambrook, J. et Gething, M.-J. Sur le rôle de la séquence d'ancrage transmembranaire de l'hémagglutinine de la grippe dans la reconnaissance des cellules cibles par les lymphocytes T cytoliques spécifiques de l'hémagglutinine restreints au CMH de classe I. J Exp Med 166 : 678–692, 1987

Brichard, V., Van Pel, A., Wölfel, T., Wölfel, C., De Plaen, E., Lethe, B., Coulie, P., et Boon, T. Le gène de la tyrosinase code pour un antigène reconnu par des lymphocytes T cytolytiques autologues sur des mélanomes HLA-A2. J Exp Med 178 : 489–495, 1993

Brooks, J. M., Murray, R. J., Thomas, W. A., Kurilla, M. G. et Rickinson, A. B. Différents sous-types HLA-B27 présentent le même peptide immunodominant du virus Epstein-Barr. J Exp Med 178 : 879–887, 1993

Brown, EL, Wooters, JL, Ferenz, CR, O'Brien, CM, Hewick, RM et Herrmann, SH Caractérisation de la liaison peptidique à la molécule H-2K k murine du CMH de classe I — séquençage des peptides liés et liaison directe de peptides synthétiques en molécules isolées de classe I. J Immunol 153 : 3079–3092, 1994

Brown, J. H., Jardetzky, T. S., Gorga, J. C., Stern, L. J., Urban, R. G., Strominger, J. L. et Wiley, D. C. Structure tridimensionnelle de l'antigène d'histocompatibilité de classe II humain HLA-DR1. Nature 364 : 33–39, 1993

Burrows, S. R., Sculley, T. B., Misko, I. S., Schmidt, C. et Moss, D. J. Un épitope de cellule T cytotoxique spécifique au virus Epstein-Barr dans l'antigène nucléaire 3 d'EBV (EBNA 3). J Exp Med 171 : 345–349, 1990

Buseyne, F., McChesney, M., Porrot, F., Kovarik, S., Guy, B. et Riviere, Y. Lymphocytes T cytotoxiques spécifiques de Gag provenant d'individus infectés par le virus de l'immunodéficience humaine de type 1 : Les épitopes Gag sont regroupés dans trois régions de la protéine p24gag. J Virol 67 : 694–702, 1993

Buseyne, F. et Riviere, Y. Réponses immunitaires des lymphocytes T CD8 + spécifiques du VIH et réplication virale. Aides 7 : S81-S85, 1993

Buus, S., Sette, A., Colon, S. M., Miles, C. et Grey, H. M. La relation entre la restriction majeure d'histocompatibilité complète (MHC) et la capacité de Ia à se lier aux peptides immunogènes. Sciences 235 : 1353–1358, 1987

Cao, W. X., Myers-Powell, B. A. et Braciale, T. J. Reconnaissance d'un épitope d'immunoglobuline Vh par des lymphocytes T cytolytiques restreints au complexe majeur d'histocompatibilité de classe I spécifiques au virus de la grippe. J Exp Med 179 : 195–202, 1994

Carbone, F. R., Moore, M. W., Sheil, J. M. et Bevan, M. J. Induction de lymphocytes T cytotoxiques par stimulation primaire in vitro avec des peptides. J Exp Med 167 : 1767–1779, 1988

Celis, E., Tsai, V., Crimi, C., DeMars, R., Wentworth, PA, Chesnut, RW, Grey, HM, Sette, A. et Serra, HM Induction de lymphocytes T cytotoxiques antitumoraux dans la normale humains utilisant des cultures primaires et des épitopes peptidiques synthétiques. Proc Natl Acad Sci USA 91 : 2105–2109, 1994

Cerrone, M. C., Ma, J. J. et Stephens, R. S. Clonage et séquence du gène de la protéine de choc thermique 60 de Chlamydia trachomatis et réactivité immunologique de la protéine. Infecter Immun 59 : 79–90, 1991

Cerundo, V., Elliot, T., Elvin, J., Bastin, J., Rammensee, H.-G. et Townsend, A. Les taux d'affinité de liaison et de dissociation des peptides pour les molécules du complexe majeur d'histocompatibilité de classe I. Eur J Immunol 21 : 2069–2075, 1991

Chicz, R. M., Urban, R. G., Lane, W. S., Gorga, J. C., Stern, L. J., Vignali, D. A. A. et Strominger, J. L. Les peptides naturellement traités prédominants liés à HLA-DR1 sont dérivés de molécules liées au CMH et sont de taille hétérogène. Nature 358 : 764–768, 1992

Chicz, R.M., Urban, R.G., Gorga, J.C., Vigali, D.A.A., Lane, W.S. et Strominger, J.L. Spécificité et promiscuité parmi les peptides naturellement traités liés à HLA-DR allèles. J Exp Med 178 : 27–47, 1993

Corr, M., Boyd, LF, Frankel, SR, Kozlowski, S., Padlan, EA et Margulies, DH Peptides endogènes d'une molécule de classe I du complexe majeur d'histocompatibilité soluble, motif de séquence H-2L d s, liaison quantitative , et la modélisation moléculaire du complexe. J Exp Med 176 : 1681–1692, 1992

Corr, M., Boyd, L. F., Padlan, E. A. et Margulies, D. H. H-2D d exploite un motif de liaison peptidique à 4 résidus. J Exp Med 178 : 1877–1892, 1993

Cossins, J., Gould, KG, Smith, M., Driscoll, P. et Brownlee, GG Prédiction précise d'un épitope de cellule T cytotoxique restreint à K k dans la protéine NS1 du virus de la grippe à l'aide d'un allèle spécifique du CMH motif. Virologie 193 : 289–295, 1993

Coulie, PG, Brichard, V., Van Pel, A., Wölel, T., Schneider, J., Traversari, C., Mattei, S., De Plaen, E., Lurquin, C., Szikora, JP, Renauld, JC et Boon, T. Un nouveau gène codant pour un antigène de différenciation reconnu par les lymphocytes T cytolytiques autologues sur les mélanomes HLA-A2. J Exp Med 180 : 35–42, 1994

Cox, AL, Skipper, J., Chen, Y., Henderson, RA, Darrow, TL, Shabanowitz, J., Engelhard, VH, Hunt, DF et Slingluff, CL Identification d'un peptide reconnu par cinq humains spécifiques du mélanome lignées de cellules T cytotoxiques. Sciences 264 : 716–719, 1994

Cresswell, P. Assemblage, transport et fonction des molécules du CMH de classe II. Annu Rev Immunol 12 : 259–293, 1994

Culmann, B., Gomard, E., Kieny, MP, Guy, B., Dreyfus, F., Saimot, AG, Sereni, D., Sicard, D., et Levy, JP 6 épitopes réagissant avec le CD8 + cytotoxique humain Cellules T dans la région centrale de la protéine nef du VIH-1. J Immunol 146 : 1560–1565, 1991

Dai, LC, West, K., Littaua, R., Takahashi, K. et Ennis, FA La mutation du virus de l'immunodéficience humaine de type 1 à l'acide aminé 585 sur gp41 entraîne la perte de la destruction par les lymphocytes T cytotoxiques restreints à CD8 + A24 . J Virol 66 : 3151–3154, 1992

De Bergeyck, V., De Plaen, E., Chomez, P., Boon, T. et Van Pel, A. Une séquence de particules A intra-isternales code pour un antigène reconnu par les lymphocytes T cytolytiques syngéniques sur une leucémie spontanée de souris. Eur J Immunol 24 : 2203–2212, 1994

Deckhut, A. M., Lippolis, J. D. et Tevethia, S. S. Analyse comparative des principaux résidus d'acides aminés des épitopes de reconnaissance des lymphocytes T cytotoxiques restreints par H-2D b dans l'antigène 40 T du virus simien. J Virol 66 : 440–447, 1992

DiBrino, M., Parker, KC, Shiloach, J., Knierman, M., Lukszo, J., Turner, RV, Biddison, WE et Coligan, JE Les peptides endogènes liés à HLA-A3 possèdent une combinaison spécifique de résidus d'ancrage qui permettent l'identification de peptides antigéniques potentiels. Proc Natl Acad Sci USA 90 : 1508-1512, 1993a

DiBrino, M., Tsuchida, T., Turner, R. V., Parker, K. C., Coligan, J. E. et Biddison, W. E. Les épitopes de cellules T HLA-A1 et HLA-A3 dérivés de protéines du virus de la grippe prédits à partir de motifs de liaison aux peptides. J Immunol 151 : 5930-5935, 1993b

DiBrino, M., Parker, KC, Shiloach, J., Turner, RV, Tsuchida, T., Garfield, M., Baddison, WE et Coligan, JE Les peptides endogènes avec des motifs distincts de résidus d'ancrage d'acides aminés se lient à HLA-A1 et HLA-B8. J Immunol 152 : 620–631, 1994

Dick, LR, Aldrich, C., Jameson, S. C, Moomaw, CR, Pramanik, BC, Doyle, CK, Demartino, GN, Bevan, MJ, Forman, JM et Slaughter, CA Traitement protéolytique de l'ovalbumine et de la bêta- galactosidase par le protéasome pour produire des peptides antigéniques. J Immunol 152 : 3884–3894, 1994

Eberl, G., Sabbatini, A., Servis, C., Romero, P., Maryanski, J. L. et Corradin, G. MHC classe I H-2K d -peptides antigéniques restreints : contraintes supplémentaires pour le motif de liaison. Int Immunol 5: 1489–1492, 1993

Engelhard, VH, Appella, E., Benjamin, DC, Bodnar, WM, Cox, AL, Chen, Y., Henderson, RA, Huczko, EL, Michel, H., Sakaguichi, K., Shabanowitz, J., Sevilir , N., Slingluff, CL et Hunt, DF Analyse par spectrométrie de masse des peptides associés aux molécules du CMH de classe I humaine HLA-A2.1 et HLA-B7 et identification des caractéristiques structurelles qui déterminent la liaison. Dans A. Sette (éd.) : Peptides Naturellement Traités, Karger, p. 39-62, 1993

Engelhard, V. H. Structure des peptides associés aux molécules du CMH de classe I. Curr Opin Immunol 6 : 13–23, 1994

Falk, K., Rötzschke, O., et Rammensee, H.-G. Composition peptidique cellulaire régie par des molécules de classe I du complexe majeur d'histocompatibilité. Nature 348 : 248–251, 1990

Falk, K., Rötzschke, O., Deres, K., Metzger, J., Jung, G. et Rammensee, H.-G. L'identification de non-apeptides viraux naturellement transformés permet leur quantification dans les cellules infectées et suggère une prévision d'épitope de lymphocytes T spécifique d'un allèle. J Exp Med 174 : 425-434, 1991a

Falk, K., Rötzschke, O., Stevanović, S., Jung, G. et Rammensee, H.-G. Motifs spécifiques d'allèle révélés par séquençage d'auto-peptides élués à partir de molécules du CMH. Nature 351 : 290-296, 1991b

Falk, K., Rötzschke, O., Grahovac, B., Schendel, D., Stevanović, S., Gnau, V., Jung, G., Strominger, J.L. et Rammensee, H.-G. Motifs de ligands peptidiques spécifiques d'allèles de molécules HLA-C. Proc Natl Acad Sci USA 90 : 12005–12009, 1993a

Falk, K., Rötzschke, O., Grahovac, B., Schendel, D., Stevanović, S., Jung, G. et Rammensee, H.-G. Motifs peptidiques des molécules HLA-B35 et HLA-B37. Immunogénétique 38 : 161-162, 1993b

Falk, K., Rötzschke, O., Stevanović, S., Gnau, V., Sparbier, K., Jung, G., Rammensee, H.-G. et Walden, P. Analyse d'une classe HLA naturelle Epitope viral I-restreint. Immunologie 82 : 337-342, 1994a

Falk, K., Rötzschke, O., Stevanović, S., Jung, G. et Rammensee, H.-G. Le séquençage en pool des ligands naturels HLA-DR, DQ et DP révèle des motifs peptidiques détaillés, des contraintes de traitement et des règles générales. Immunogénétique 39 : 230-242, 1994b

Falk, K., Rötzschke, O., Takiguchi, M., Grahovac, B., Gnau, V., Stevanović, S., Jung, G. et Rammensee, H.-G. Motifs peptidiques des molécules HLA-A1, -A11, -A31 et -A33. Immunogénétique 40 : 238-241, 1994c

Falk, K., Rötzschke, O., Takiguchi, M., Gnau, V., Stevanović, S., Jung, G. et Rammensee, H.-G. Motifs peptidiques des molécules HLA-B51, -B52 et-B78 et implications pour la maladie de Behçet. Int Immunol 7 : 223-228, 1995a

Falk, K., Rötzschke, O., Takiguchi, M., Gnau, V., Stevanović, S., Jung, G. et Rammensee, H.-G. Motifs peptidiques des molécules HLA-B38 et B39. Immunogénétique 41 : 162-164, 1995b

Falk, K., Rötzschke, O., Takiguchi, M., Gnau, V., Stevanović, S., Jung, G. et Rammensee, H.-G. Motifs peptidiques des molécules HLA-B58, B60, B61 et B62. Immunogénétique 41 : 165-168, 1995c

Falk, K. et Rötzschke, O. Motifs de consensus et ligands peptidiques des molécules du CMH de classe I. Sem Immunol 5: 81–94, 1993

Feltkamp, ​​MCW, Smith, HL, Vierboom, MPM, Minnaar, RP, Dejongh, BM, Drijfhout, JW, Terschegget, J., Melief, CJM et Kast, WM Vaccination avec un peptide contenant un épitope de lymphocyte T cytotoxique protège contre un tumeur induite par les cellules transformées du papillomavirus humain de type 16. Eur J Immunol 23 : 2242–2249, 1993

Fischer Lindahl, K. F., Hermel, E., Loveland, B. E. et Wang, C. R. Antigène de souris transmis par la mère - un antigène de transplantation modèle. Annu Rev Immunol 9 : 351–372, 1991

Fleischhauer, K., Wallny, H.-J., Avila, D., Vilbois, F., Traversari, C. et Bordignon, C. Caractérisation des ligands peptidiques naturels pour HLA-B44. Antigènes tissulaires, dans la presse

Franco, M. A., Prieto, I., Labbe, M., Poncet, D., Borras-Cuesta, F. et Cohen, J. Un épitope immunodominant des cellules T cytotoxiques sur la protéine du rotavirus VP7 chevauche le peptide signal H2. J Gen Virol 74 : 2579–2586, 1993

Franco, M. A., Lefevre, P., Willems, P., Lintermanns, P., Tosser, G. et Cohen, J. Identification d'épitopes de cellules T cytotoxiques sur les protéines de rotavirus Vp3 et Vp6. J Gen Virol 75 : 589–596, 1994

Fremont, D. H., Matsamura, M., Stura, E. A., Peterson, P. A. et Wilson, I. A. Structures cristallines de deux peptides viraux en complexe avec le CMH murin de classe I H-2K b. Sciences 257 : 919–927, 1992

Frumento, G., Harris, P. E., Gawinowicz, M. A., Suciu-Foca, N. et Pernis, B. Séquence d'un auto-peptide de 16 résidus important lié à HLA-B27 dans une lignée cellulaire lymphoblastoïde. Cellule Immunol 152 : 623–626, 1993

Gaugler, B., Van den Eynde, B., Van der Bruggen, P., Romero, P., Gaforio, JJ, De Plaen, E., Lethe, B., Brasseur, F., et Boon, T. Human le gène MAGE-3 code pour un antigène reconnu sur un mélanome par des lymphocytes T cytolytiques autologues. J Exp Med 179 : 921–930, 1994

Gavin, M. A., Gilbert, M. J., Riddell, S. R., Greenberg, P. D. et Bevan, M. J. L'hydrolyse alcaline des protéines recombinantes permet l'identification rapide des épitopes CTL restreints au CMH de classe I. J Immunol 151 : 3971–3980, 1993

Gavioli, R., Kurilla, MG, De Campos-Lima, PO, Wallace, LE, Dolcetti, R., Murray, RJ, Rickinson, AB et Masucci, MG Plusieurs épitopes de lymphocytes T cytotoxiques restreints par HLA A11 de différentes immunogénétiques dans l'antigène nucléaire codé par le virus Epstein-Barr 4. J Virol 67 : 1572–1578, 1993

Geluk, A., Van Meijgaarden, KE, Janson, AAM, Drijfhout, JW, Meloen, RH, De Vries, RRP et Ottenhoff, THM L'analyse fonctionnelle des épitopes de cellules T mycobactériennes restreintes par DR17 (DR3) révèle un motif de liaison à DR17 et permet la conception de peptides concurrents spécifiques d'allèles. J Immunol 149 : 2864–2871, 1992

Geluk, A., Van Meijgaarden, KE, Southwood, S., Oseroff, C., Drijfhout, JW, De Vries, RRP, Ottenhoff, THM et Sette, A. Les molécules HLA-DR3 peuvent lier des peptides portant deux sous-motifs spécifiques alternatifs . J Immunol 152 : 5742–5748, 1994

Gotch, F., McMichael, A. et Rothbard, J. Reconnaissance de la protéine matricielle de la grippe A par les lymphocytes T cytotoxiques restreints par HLA-A2. Utilisation d'analogues pour orienter le peptide matriciel dans le site de liaison HLA-A2. J Exp Med 168 : 2045–2057, 1988

Gould, K., Cossins, J., Bastin, J., Brownlee, G. G. et Townsend, A. Un fragment de 15 acides aminés de la nucléoprotéine de la grippe synthétisée dans le cytoplasme est présenté aux lymphocytes T cytotoxiques restreints de classe I. J Exp Med 170 : 1051–1056, 1989

Gould, KG, Scotney, H., Townsend, AR, Bastin, J. et Brownlee, GG Les cellules T cytotoxiques restreintes à H-2 k reconnaissent les déterminants antigéniques dans les sous-unités HA1 et HA2 de la grippe A/PR/8 /34 hémagglutinine. J Exp Med 166 : 693–701, 1987

Gould, K. G., Scotney, H. et Brownlee, G. G. Caractérisation de deux épitopes de lymphocytes T restreints de classe I K k distincts du complexe majeur d'histocompatibilité dans l'hémagglutinine du virus Influenza A/PR/8/34. J Virol 65 : 5401–5409, 1991

Gregersen, P. K., Silver, J. et Winchester, R. J. L'hypothèse de l'épitope partagé. Une approche pour comprendre la génétique moléculaire de la susceptibilité à la polyarthrite rhumatoïde. Arthrite Rheum 30 : 1205–1213, 1987

Guo, H. C., Jardetzky, T. S., Garrett, T. P. J., Lane, W. S., Strominger, J. L. et Wiley, D. C. Des peptides de longueur différente se lient à HLA-Aw68 de la même manière à leurs extrémités mais se gonflent au milieu. Nature 360 : 364–366, 1992

Guo, HC, Madden, DR, Silver, ML, Jardetzky, TS, Gorga, JC, Strominger, JL et Wiley, DC Comparaison de la poche de spécificité P2 dans trois antigènes d'histocompatibilité humaine — HLA-A * 6801, HLA-A * 0201 et HLA-B * 2705. Proc Natl Acad Sci USA 90 : 8053–8057, 1993

Hammer, J., Takacs, B. et Sinigaglia, F. Identification du motif pour les peptides de liaison HLA-DR1 à l'aide de bibliothèques d'affichage M13. J Exp Med 176 : 1007–1013, 1992

Hammer, J., Valsasnini, P., Tolba, K., Bolin, D., Higelin, J., Takacs, B. et Sinigaglia, F. Promiscuos et ancres spécifiques aux allèles dans les peptides de liaison HLA-DR. Cellule 74 : 197–203, 1993

Hammer, J., Bono, E., Gallazzi, F., Belunis, C., Nagy, Z. et Sinigaglia, F. Prédiction précise de l'interaction MHC classe II-peptide basée sur le balayage des chaînes latérales peptidiques. J Exp Med 180 : 2353–2358, 1994

Harpur, A.G., Ziemiekci, A., Wilks, A.F., Falk, K., Rötzschke, O., et Rammensee, H.-G. Un important ligand naturel H-2K d est dérivé de la protéine-tyrosine kinase JAK1. Immunol Lett 35 : 235–238, 1993

Harris, P. E., Colovai, A., Liu, Z., Favera, R. D. et Suciu-Foca, N. Les peptides liés au HLA de classe I naturellement traités provenant de cellules transfectées par c-myc révèlent des motifs spécifiques aux allèles. J Immunol 151 : 5966–5974, 1993

Henderson, RA, Michel, H., Sakaguchi, K., Shabanowitz, J., Appella, E., Hunt, DF et Engelhard, VH HLA-A2.1-associated peptides from a mutant cell line - une 2ème voie de présentation de l'antigène. Sciences 255 : 1264–1266, 1992

Henderson, RA, Cox, AL, Sakaguchi, K., Appella, E., Shabanowitz, J., Hunt, DF et Engelhard, VH Identification directe d'un peptide endogène reconnu par plusieurs cellules T cytotoxiques spécifiques de HLA-A2.1 . Proc Natl Acad Sci USA 90 : 10275–10279, 1993

Hill, AVS, Elvin, J., Willis, AC, Aidoo, M., Allsopp, CEM, Gotch, FM, Gao, XM, Takiguchi, M., Greenwood, BM, Townsend, ARM, McMichael, AJ et Whittle, HC Analyse moléculaire de l'association HLA-B53 et résistance au paludisme sévère. Nature 360 : 434–439, 1992

Hill, CM, Liu, A., Marshall, KW, Mayer, J., Jorgensen, B., Yuan, B., Cubbon, RM, Nichols, EA, Wicker, LS et Rothbard, JB Exploration des exigences pour la liaison des peptides à HLA DRB1 * 0101 et DRB1 * 0401. J Immunol 152 : 2890–2898 1994

Hosmalin, A., Clerici, M., Houghten, R., Pendleton, CD, Felxner, C., Lucey, DR, Moss, B., Germain, RN, Shearer, GM et Berzofsky, JA Un épitope dans l'immunodéficience humaine transcriptase inverse du virus 1 reconnue à la fois par les lymphocytes T cytotoxiques murins et humains. Proc Natl Acad Sci USA 87 : 2344–2348, 1990

Howard, J. C. et Seelig, A. Traitement de l'antigène — peptides et protéasome. Nature 365 : 211–212, 1993

Huczko, EL, Bodnar, WM, Benjamin, D., Sakaguchi, K., Zhu, NZ, Shabanowitz, J., Henderson, RA, Appella, E., Hunt, DF et Engelhard, VH Caractéristiques des peptides endogènes élués de la molécule du CMH de classe I HLA-B7 déterminée par spectrométrie de masse et modélisation informatique. J Immunol 151 : 2572–2587, 1993

Huet, S., Nixon, D.F., Rothbard, J.B., Townsend, A., Ellis, S.A. et McMichael, A.J.Des homologies structurelles entre deux peptides restreints par HLA B27 suggèrent des résidus importants pour l'interaction avec HLA B27. Int Immunol 2: 311–316, 1990

Hunt, DF, Henderson, RA, Shabanowitz, J., Sakaguchi, K., Michel, H., Sevilir, N., Cox, AL, Appella, E. et Engelhard, VH Caractérisation des peptides liés au CMH de classe I molécule HLA-A2.1 par spectrométrie de masse. Sciences 255 : 1261-1263, 1992a

Hunt, DF, Michel, H., Dickinson, TA, Shabanowitz, J., Cox, AL, Sakaguchi, K., Appella, E., Grey, HM et Sette, A. Peptides présentés au système immunitaire par le murin molécule du complexe majeur d'histocompatibilité de classe II IA d . Sciences 256 : 1817-1820, 1992b

Jackson, M. R., Cohendoyle, M. F., Peterson, P. A. et Williams, D. B. Régulation du transport du CMH de classe I par le chaperon moléculaire, la calnexine (P88, IP90). Sciences 263 : 384–387, 1994

Jackson, M. R. et Peterson, P. A. Assemblage et transport intracellulaire de molécules du CMH de classe I. Annu Rev Cell Biol 9 : 207–235, 1993

Jardetzky, T.S., Lane, W.S., Robinson, R.A., Madden, D.R. et Wiley, D.C. Identification des auto-peptides liés au HLA-B27 purifié. Nature 353 : 326–329, 1991

Johnson, R.P., Trocha, A., Buchanan, T.M. et Walker, B.D. Reconnaissance d'une région hautement conservée du virus de l'immunodéficience humaine de type 1 gp 120 par un clone de lymphocyte T cytotoxique restreint par HLA-Cw4. J Virol 67 : 438–445, 1993

Joyce, S., Tabaczewski, P., Angeletti, R. H., Nathenson, S. G. et Stroynowski, I. Une molécule de classe I b du complexe majeur d'histocompatibilité non polymorphe lie un large éventail de divers auto-peptides. J Exp Med 179 : 579–588, 1994

Kast, W. M., Offringa, R., Peters, P. J., Voordouw, A. C., Meloen, R. H., Van der Eb, A. J. et Melief, C. J. M. Éradication des tumeurs induites par l'adénovirus E1 par des lymphocytes T cytotoxiques spécifiques à E1A. Cellule 59 : 603–614, 1989

Kast, WM, Roux, L., Curren, L., Blom, HJJ, Voordouw, AC, Meloen, RH, Kolakofsky, D. et Melief, CJM Protection contre l'infection mortelle par le virus Sendai par amorçage in vivo de cytotoxiques spécifiques au virus Lymphocytes T avec un peptide synthétique libre Proc Natl Acad Sci USA 88 : 2283–2287, 1991

Kast, WM, Brandt, RMP, Sidney, J., Drijfhout, JW, Kubo, RT, Grey, HM, Melief, CJM et Sette, A. Rôle des motifs HLA-A dans l'identification d'épitopes CTL potentiels dans le type de papiloomavirus humain 16 protéines E6 et E7. J Immunol 152 : 3904–3912, 1994

Kawakami, Y., Eliyahu, S., Delgado, CH, Robbins, PF, Rivoltini, L., Topalian, SL, Miki, T. et Rosenberg, SA Clonage du gène codant pour un antigène de mélanome humain partagé reconnu par cellules T autologues s'infiltrant dans la tumeur. Proc Natl Acad Sci USA 91 : 3515-3519, 1994a

Kawakami, Y., Eliyahu, S., Delgado, CH, Robbins, PF, Sakaguchi, K., Appella, E., Yannelli, JR, Adema, GJ, Miki, T. et Rosenberg, SA Identification d'un être humain- antigène de mélanome reconnu par les lymphocytes infiltrant la tumeur associé à un rejet tumoral in vivo. Proc Natl Acad Sci USA 91 : 6458-6462, 1994b

Kawakami, Y., Eliyahu, S., Sakaguchi, K., Robbins, PF, Rivoltini, L., Yannelli, JR, Appella, E. et Rosenberg, SA Identification d'un peptide immunodominant de l'antigène du mélanome humain MART-1 reconnu par la majorité des lymphocytes infiltrant les tumeurs restreints en HLA-A2. J Exp Med 180 : 347-352, 1994c

Khalil, I., D'Auriol, L., Gobet, M., Morin, L., Lepage, V., Deschamps, I., Park, MS, Degos, L., Galibert, F., et Hors, J Une combinaison de HLA-DQ bêta Asp57-négatif et HLA DQ alpha Arg52 confère une susceptibilité au diabète sucré insulino-dépendant. J Clin Invest 85 : 1315–1319, 1990

Khanna, R., Burrows, SR, Kurilla, MG, Jacob, CA, Misko, IS, Sculley, TB, Kieff, E. et Moss, DJ développement de vaccins. J Exp Med 176 : 169–176, 1992

Kinouchi, R., Kobayashi, H., Sato, K., Kimura, S. et Katagiri, M. Motifs peptidiques des molécules HLA-DR4/DR53 (DRB1 * 0405/DRB4 * 0101). Immunogénétique 40 : 376–378, 1994

Klavinskis, L. S., Whitton, J. L., Joly, E. et Oldstone, M. B. A. Vaccination et protection contre une infection virale mortelle : identification, incorporation et utilisation d'un épitope de glycoprotéine de lymphocytes T cytotoxiques. Virologie 178 : 393–400, 1990

Klein, J. Histoire naturelle du complexe majeur d'histocompatibilité, J. Wiley & Sons, New York, 1986

Koenig, S., Fuerst, TR, Wood, LV, Woods, RM, Suzich, JA, Jones, GM, De la Cruz, VF, Davey, RT Jr., Venkatesan, S., Moss, B., Biddison, WE , et Fauci, AS Cartographie de la spécificité fine d'une réponse des lymphocytes T cytolytiques au VIH-1 nef protéine. J Immunol 145 : 127–135, 1990

Koziel, M. J., Dudley, D., Wong, J. T., Dienstag, J., Houghton, M., Ralston, R. et Walker, B. D. Lymphocytes T cytotoxiques intrahépatiques spécifiques du virus de l'hépatite C chez les personnes atteintes d'hépatite chronique. J Immunol 149 : 3339–3344, 1992

Kropshofer, H., Max, H., Müller, CA, Hesse, F., Stevanović, S., Jung, G. et Kalbacher, H. L'auto-peptide libéré de la classe II HLA-DR1 présente un double résidu hydrophobe motif de contact. J Exp Med 175 : 1799–1803, 1992

Kropshofer, H., Max, H., Halder, T., Kalbus, M., Müller, C. A. et Kalbacher, H. Self-peptides from four HLA-DR les allèles partagent des résidus d'ancrage hydrophobes près de l'extrémité NH2-terminale, y compris la proline comme signal d'arrêt pour le rognage. J Immunol 151 : 4732–4742, 1993

Kubo, RT, Sette, A., Grey, HM, Appella, E., Sakaguchi, K., Zhu, NZ, Arnott, D., Sherman, N., Shabanowitz, J., Michel, H., Bodnar, WM , Davis, TA, et Hunt, DF Définition de motifs peptidiques spécifiques pour quatre HLA-A allèles. J Immunol 152 : 3913–3924, 1994

Kulkarni, A. B., Morse, III, H. C., Bennink, J. R., Yewdell, J. W. et Murphy, B. R. L'immunisation de souris avec le virus de la vaccine-M2 recombinant induit des cellules CD8+ cytotoxiques spécifiques à l'épitope et à réactivité croisée Kd-restreintes. J Virol 67 : 4086–4092, 1993

Kumar, S., Miller, L. H., Quakyi, I. A., Keister, D. B., Houghten, R. A. Maloy, W. L., Moss, B., Berzofsky, J. A. et Good, M. F. Cellules T cytotoxiques spécifiques de la protéine circumsporozoïte de Plasmodium falciparum. Nature 334 : 258–260, 1988

Kutubuddin, M., Simons, J. et Chow, M. Les épitopes cytolytiques de cellules T cytolytiques restreintes de classe I du complexe majeur d'histocompatibilité spécifique au poliovirus chez la souris se localisent dans les régions antigéniques neutralisantes. J Virol 66 : 5967–5974, 1992

Kuwano, K., Braciale, T. J. et Ennis, F. A. Localisation d'un épitope CTL à réactivité croisée dans la région transmembranaire de l'hémagglutinine des virus grippaux H1 et H2. FASEB J 2: 2221, 1988

Larson, J. K., Wunner, W. H., Otvos, Jr., L. et Ertl, H. C. Identification d'un épitope immunodominant dans la phosphoprotéine du virus de la rage qui est reconnu par les cellules T restreintes de classe I et de classe II. J Virol 65 : 5673–5679, 1991

Lee, SP, Thomas, SA, Murray, RJ, Khanim, F., Faur, S., Young, LS, Rowe, M., Kurilla, M. et Rickinson, AB Cellules T cytotoxiques restreintes par HLA A2.1 reconnaissant une gamme d'isolats du virus d'Epstein-Barr à travers un épitope défini dans la protéine membranaire latente LMP2. J Virol 67 : 7428–7435, 1993

Lethé, B., Van den Eynde, B., Van Pel, A., Corradin, G., et Boon, T. Antigènes de rejet de tumeur de souris P815A et antigène P815B : 2 épitopes portés par un seul peptide. Eur J Immunol 22 : 2283–2288, 1992

Littua, RA, Oldstone, MBA, Takeda, A., Debouck, C., Wong, JT, Tuazon, CU, Moss, B., Kievits, F., et Ennis, FA Un clone de lymphocytes T cytotoxiques CD8+ restreint par HLA-C reconnaît un épitope hautement conservé sur le virus de l'immunodéficience humaine de type 1 gag. J Virol 65 : 4051–4056, 1991

Lurquin, C., Van Pel, A., Mariamé, B., De Plaen, E., Szikora, J.-P., Janssens, C., Reddehase, MJ, Lejeune, J., et Boon, T. Structure du gène de l'antigène de transplantation tum P91A : l'exon muté code pour un peptide reconnu avec L d par les lymphocytes T cytolytiques. Cellule 58 : 293–303, 1989

Madden, D. R., Garboczi, D. N. et Wiley, D. C. L'identification antigénique des complexes peptide-MHC - une comparaison des conformations de cinq peptides viraux présentés par HLA-A2. Cellule 75 : 693–708, 1993

Maier, R., Falk, K., Rötzschke, O., Maier, B., Gnau, V., Stevanović, S., Jung, G., Rammensee, H.-G. et Meyerhans, A. Motifs peptidiques des molécules HLA-A3,-A24 et-B7 telles que déterminées par séquençage en pool. Immunogénétique 40 : 306–308, 1994

Malcherek, G., Falk, K., Rötzschke, O., Rammensee, H.-G., Stevanović, S., Gnau, V., Jung, G. et Melms, A. Motifs de ligands peptidiques naturels de deux HLA molécules associées à la myasthénie grave. Int Immunol 5: 1229–1237, 1993

Mandelboim, O., Berke, G., Fridkin, M., Feldman, M., Einstein, M. et Eisenbach, L. Induction de CTL par un octapeptide antigénique associé à une tumeur dérivé d'un carcinome pulmonaire murin. Nature 369 : 67–71, 1994

Marrack, P., Ignatowicz, L., Kappler, J. W., Boymel, J. et Freed, J. H. Comparaison des peptides liés à la rate et au thymus de classe II. J Exp Med 178 : 2173–2183, 1993

Martin, R., Howell, MD, Jaraquemada, D., Flerlage, M., Richert, J., Brostoff, S., Long, EO, McFarlin, DE et McFarland, HF Un peptide de protéine basique de myéline est reconnu par cytotoxique Cellules T dans le contexte de quatre types HLA-DR associés à la sclérose en plaques. J Exp Med 173 : 19–24, 1991

Maryanski, J.L., Pala, P., Corradin, G., Jordan, B.R., et Cerottini, J.-C. Les cellules T cytolytiques restreintes à H-2 spécifiques de HLA peuvent reconnaître un peptide HLA synthétique. Nature 324 : 578–579, 1986

Matsushita, S., Takahashi, K., Motoki, M., Komoriya, K., Ikagawa, S. et Nishimura, Y. Spécificité allélique de l'exigence structurelle pour les peptides liés aux complexes HLA-DRB1 * 0405 et-DRB1 * 0406 : implication pour la susceptibilité HLA-associée au syndrome auto-immun insulinique induit par le méthimazole. J Exp Med 180 : 873–883, 1994

Missale, G., Redeker, A., Person, J., Fowler, P., Guilhot, S., Schlicht, HJ, Ferrari, C. et Chisari, FV HLA-A31- et HLA-A w 68-restreint réponses des lymphocytes T cytotoxiques à un seul épitope de nucléocapside du virus de l'hépatite B au cours d'une hépatite virale aiguë. J Exp Med 177 : 751–762, 1993

Momburg, F., Neefjes, J. J. et Hämmerling, G. J. Sélection de peptides par les transporteurs Tap encodés par le MHC. Curr Opin Immunol 6 : 32–37, 1994

Nayersina, R., Fowler, P., Guilhot, S., Missale, G., Cerny, A., Schlicht, HJ, Vitiello, A., Chesnut, R., Person, JL, Redeker, AG et Chisari, FV HLA-A2 restreint les réponses des lymphocytes T cytotoxiques à plusieurs épitopes de l'antigène de surface de l'hépatite B au cours de l'infection par le virus de l'hépatite B. J Immunol 150 : 4659–4671, 1993

Neefjes, J. J. et Momburg, F. Biologie cellulaire de la présentation de l'antigène. Curr Opin Immunol 5: 27–34, 1993

Nelson, C. A., Roof, R. W., McCourt, D. W. et Unanue, E. R. Identification de la forme naturellement traitée du lysozyme de blanc d'œuf de poule lié à la molécule de classe II du complexe majeur d'histocompatibilité murine I-A k. Proc Natl Acad Sci USA 89 : 7380–7383, 1992

Newcomb, J. R. et Cresswell, P. Caractérisation des peptides endogènes liés aux molécules HLA-DR purifiées et leur absence d'alpha-bêta-dimères invariants associés à la chaîne. J Immunol 150 : 499–507, 1993

Norda, M., Falk, K., Rötzschke, O., Stevanović, S., Jung, G. et Rammensee, H.-G. Comparaison des motifs peptidiques restreints H-2K k et H-2K kml. J Immunother 14 : 144–149, 1993

O'Sullivan, D., Arrhenius, T., Sidney, J., Del Guercio, M.-F., Albertson, M., Wall, M., Oseroff, C., Southwood, S., Colon, SM, Gaeta, FCA et Sette, A. Sur l'interaction des peptides antigéniques promiscuos avec différents RD allèles. Identification de motifs structurels communs. J Immunol 147 : 2663–2669, 1991

Oldstone, M. B. A., Whitton, J. L., Lewicki, H. et Tishon, A. Dissection fine d'un épitope de glycoprotéine à neuf acides aminés, un déterminant majeur reconnu par les lymphocytes T cytotoxiques H-2D b restreints de classe I spécifiques au virus de la chorioméningite lymphocytaire. J Exp Med 168 : 559–570, 1988

Oldstone, M. B. A., Tishon, A., Eddleston, M., De La Torre, J. C., McKee, T. et Whitton, J. L. Vaccination pour prévenir une infection virale persistante. J Virol 67 : 4372–4378, 1993

Ortmann, B., Androlewicz, M. J. et Cresswell, P. Les complexes bêta2-microglobuline de classe I du CMH s'associent aux transporteurs Tap avant la liaison peptidique. Nature 368 : 364–867, 1994

Pamer, E. G., Harty, J. T. et Bevan, M. J. Prédiction précise d'un épitope dominant restreint au CMH de classe I de Listeria monocytogenes. Nature 353 : 852–855, 1991

Pamer, E. G. Identification directe de la séquence et analyse cinétique d'un épitope CTL de Listeria monocytogenes restreint au CMH de classe I. J Immunol 152 : 686–694, 1994

Parker, K.C., Bednarek, M.A. et Coligan, J.E. Schéma de classement des peptides potentiels de liaison HLA-A2 sur la base de la liaison indépendante des chaînes latérales peptidiques individuelles. J Immunol 152 : 163–175, 1994

Pfeifer, J.D., Wick, M.J., Roberts, R.L., Findlay, K., Normark, S.J. et Harding, C.V. Traitement phagocytaire des antigènes bactériens pour la présentation du CMH de classe I aux cellules T. Nature 361 : 359–362, 1993

Phillips, RE, Rowland-Jones, S., Huet, S., Hill, A., Sutton, J., Murray, R., Brooks, J. et McMichael, A. Variation génétique du virus de l'immunodéficience humaine qui peut échapper aux cytotoxiques Reconnaissance des cellules T. Nature 354 : 453–459, 1991

Pinet, V., Malnati, M. S. et Long, E. O. Deux voies de traitement pour la présentation restreinte au CMH de classe II de l'antigène du virus de la grippe exogène. J Immunol 152 : 4852–4860, 1994

Rammensee, H.-G., Falk, K. et Rötzschke, O. Peptides naturellement présentés par les molécules du CMH de classe I. Annu Rev Immunol 11 : 213–244, 1993

Rawle, FC, O'Connell, KA, Geib, RW, Roberts, B. et Gooding, LR Cartographie fine d'un épitope de lymphocyte T cytotoxique restreint H-2K k dans l'antigène SV 40 T en utilisant des mutants de délétion dans le cadre et un peptide synthétique. J Immunol 141 : 2734–2739, 1988

Reay, P. A., Kantor, R. M. et Davis, M. M. Utilisation de remplacements globaux d'acides aminés pour définir les exigences de liaison au CMH et de reconnaissance des cellules T du cytochrome C (93-103). J Immunol 152 : 3946–3957, 1994

Reddehase, M. J., Rothbard, J. B. et Koszinowski, U. H. Un pentapeptide comme déterminant antigénique minimal pour les lymphocytes T restreints au CMH de classe I. Nature 337 : 651–653, 1989

Reich, E. P., Von Grafenstein, H., Barlow, A., Swenson, K. E., Williams, K. et Janeway, C. A. Self peptides isolated from MHC glycoproteins of non-obese diabetic mouses. J Immunol 152 : 2279–2288, 1994

Riberdy, J.M., Newcomb, J.R., Surman, M.J., Barbosa, J.A. et Cresswell, P. Les molécules HLA-DR d'une lignée cellulaire mutante traitant l'antigène sont associées à des peptides à chaîne invariante. Nature 360 : 474–477, 1992

Robbins, P. A., Lettice, L. A., Rota, P., Santos-Aguado, J., Rothbard, J., McMichael, A. J. et Strominger, J. L. Comparaison entre deux épitopes peptidiques présentés aux lymphocytes T cytotoxiques par HLA-A2. Preuve d'emplacements discrets au sein de HLA-A2. J Immunol 143 : 4098–4103, 1989

Robbins, P. F., Elgamil, M., Kawakami, Y. et Rosenberg, S. A. Reconnaissance de la tyrosine par les lymphocytes infiltrant la tumeur d'un patient répondant à l'immunothérapie. Cancer Res 54 : 3124–3126, 1994

Rock, K. L., Rohhstein, L., Gamble, S. et Fleischacker, C. Caractérisation des cellules présentatrices d'antigènes qui présentent des antigènes exogènes en association avec des molécules du CMH de classe I. J Immunol 150 : 438–446, 1993

Rock, KL, Gramm, C., Rothstein, L., Clark, K., Stein, R., Dick, L., Hwang, D. et Goldberg, AL Les inhibiteurs du protéasome bloquent la dégradation de la plupart des protéines cellulaires et la génération de peptides présentés sur des molécules du CMH de classe I. Cellule 78 : 761–771, 1994

Romero, P., Maryanski, J. L., Corradin, G., Nussenzweig, R. S., Nussenzweig, V. et Zavala, F. Les cellules T cytotoxiques clonées reconnaissent un épitope dans la protéine circumsporozoïte et protègent contre le paludisme. Nature 341 : 323–326, 1989

Romero, P., Corradin, G., Leuscher, I.F. et Maryanski, J.L. Les peptides antigéniques restreints par H-2K d partagent un motif de liaison simple. J Exp M Méd 174 : 603–612, 1991

Rötzschke, O., Falk, K., Deres, K., Schild, H., Norda, M., Metzger, J., Jung, G., et Rammensee, H.-G. Isolement et analyse de peptides viraux naturellement transformés reconnus par les cellules T cytotoxiques. Nature 348 : 252–254, 1990

Rötzschke, O., Falk, K., Stevanović, S., Jung, G., Walden, P., et Rammensee, H.-G. Prédiction exacte d'un épitope de cellule T naturel. Eur J Immunol 21 : 2891–2894, 1991

Rötzschke, O., Falk, K., Stevanović, S., Jung, G. et Rammensee, H.-G. Les motifs peptidiques de molécules HLA de classe I étroitement apparentées englobent des différences substantielles. Eur J Immunol 22 : 2453–2456, 1992

Rötzschke, O., Falk, K., Stevanović, S., Grahovac, B., Soloski, M.J., Jung, G. et Rammensee, H.-G. Les molécules Qa-2 sont des récepteurs peptidiques d'une stringence plus élevée que les molécules ordinaires de classe I. Nature 361 : 642–644, 1993

Rötzschke, O., Falk, K., Stevanović, S., Gnau, V., Jung, C. et Rammensee, H.-G. Ancre C-terminale aromatique/aliphatique dominante dans les motifs peptidiques HLA-B * 2702 et B * 2705. Immunogénétique 39 : 74–77, 1994

Rötzschke, O. et Falk, K. Origine, structure et motifs des ligands du CMH de classe II naturellement traités. Curr Opin Immunol 6 : 45–51, 1994

Rudensky, A. Y., Preston-Hurlburt, P., Hong, S.-C., Barlow, A. et Janeway, C. A. Analyse de séquence de peptides liés aux molécules du CMH de classe II. Nature 353 : 622–627, 1991

Rudensky, A. Y., Preston-Hurlburt, P., Al-Ramadi, B. K., Rothbard, J. et Janeway, C. A. Des variantes de troncature de peptides isolés à partir de molécules du CMH de classe II suggèrent des motifs de séquence. Nature 359 : 429–431, 1992

Ruppert, J., Sidney, J., Celis, E., Kubo, R.T., Grey, H.M. et Sette, A. Rôle important des résidus d'ancrage secondaires dans la liaison peptidique aux molécules HLA-A2.1. Cellule 74 : 929–937, 1993

Schulz, M., Aichele, P., Schneider, R., Hansen, T. H., Zinkernagel, R. M. et Hengartner, H. Liaison du complexe majeur d'histocompatibilité et reconnaissance des lymphocytes T d'un nonapeptide viral contenant un tétrapeptide minimal. Eur J Immunol 21 : 1181–1185, 1991

Schumacher, T. N., De Bruijin, M. L., Vernie, L. N., Kast, W. M., Melief, C. J. M., Neefjes, J. J. et Ploegh, H. L. Sélection de peptides par les molécules du CMH de classe I. Nature 350 : 703–706, 1991

Sette, A., Buus, S., Appella, E., Smith, J. A., Chesnut, R., Miles, C., Colon, S.M. et Grey, H. M. Prédiction des régions de liaison du complexe majeur d'histocompatibilité des antigènes protéiques par analyse des motifs de séquence. Proc Natl Acad Sci USA 86 : 3296–3300, 1989

Sette, A., Ceman, S., Kubo, RT, Sakaguchi, K., Appella, E., Hunt, DF, Davis, TA, Michal, H., Shabanowitz, J., Rudersdorf, R., Grey, HM , et DeMars, R. Peptides à chaîne invariante dans la plupart des molécules HLA-DR d'un mutant traitant l'antigène. Sciences 258 : 1801–1804, 1992

Sette, A., Sidney, J., Oseroff, C., Del Guercio, MF, Southwood, S., Arrhenius, T., Powell, MF, Colon, SM, Gaeta, FCA et Grey, HM HLA DR4 w 4 -les motifs de liaison illustrent la base biochimique de la dégénérescence et de la spécificité dans les interactions peptide-DR. J Immunol 151 : 3163–3170, 1993

Sette, A., Sidney, J., Del Guercio, MF, Southwood, S., Ruppert, J., Dahlberg, C., Grey, HM et Kubo, RT Peptide se liant aux allèles HLA-A de classe I les plus fréquents mesurée par des tests de liaison moléculaire quantitatifs. Mol Immunol 31 : 813–822, 1994

Shawar, S. M., Vyas, J. M., Rodgers, J. R., Cook, R. G. et Rich, R. R. Fonctions spécialisées des molécules majeures d'histocompatibilité de classe I. II. Hmt se lie aux peptides N-formylés d'origine mitochondriale et procaryote. J Exp Med 174 : 941–944, 1991

Shepherd, J. C., Schumacher, T. N. M., Ashton-Rickardt, P. G., Imaeda, S., Ploegh, H. L., Janeway, C. A. et Tonegawa, S. La translocation de peptides dépendante de TAP1 in vitro est dépendante de l'ATP et sélective des peptides. Cellule 74 : 577–584, 1993

Shirai, M., Okada, H., Nishioka, M., Akatsuka, T., Wychowski, C., Houghten, R., Pendleton, CD, Feinstone, SM et Berzofsky, JA Un épitope dans la région centrale du virus de l'hépatite C reconnu par les cellules T cytotoxiques chez la souris et l'homme. J Virol 68 : 3334–3342, 1994

Sibille, C., Chomez, P., Wildmann, C., Van Pel, A., De Plaen, E., Maryanski, JL, De Bergeyck, V. et Boon, T. Structure of the gene of tum- transplantation antigène P198 : Une mutation ponctuelle génère un nouveau peptide antigénique. J Exp Med 172 : 35–45, 1990

Sijts, AJAM, Ossendorp, F., Mengede, EAM, Van den Elsen, PJ et Melief, CJM Immunodominant mink cell focus inducing murine leukemia virus (MuLV)-encoded CTL epitope, identifié par son motif de liaison MHC classe I, explique MuLV -spécificité de type des lymphocytes T cytotoxiques dirigés par le MCF. J Immunol 152 : 106–116, 1994

Silver, M. L., Guo, H. C., Strominger, J. L. et Wiley, D. C. Structure atomique d'une molécule MHC humaine présentant un peptide de virus de la grippe. Nature 360 : 367–369, 1992

Sinigaglia, F. et Hammer, J. Définition des règles pour l'interaction peptide-CMH de classe II. Curr Opin Immunol 6 : 52–56, 1994

Spouge, J. L., Guy, H. R., Cornette, J. L., Margalit, H., Cease, K., Berzofsky, J. A. et DeLisi, C. De fortes propensions conformationnelles améliorent l'antigénicité des lymphocytes T. J Immunol 138 : 204–212, 1987

Srivastava, P. K., Udono, H., Blachere, N. E. et Li, Z. H. Les protéines de choc thermique transfèrent des peptides pendant le traitement de l'antigène et l'amorçage des CTL. Immunogénétique 39 : 93–98, 1994

Starnbach, M.N. et Bevan, M.J. Les cellules infectées par Yersinia présentent un épitope aux CTL restreints au CMH de classe I. J Immunol 153 : 1603–1612, 1994

Stern, L. J., Brown, J. H., Jardetzky, T. S., Gorga, J. C., Urban, R. G., Strominger, J. L. et Wiley, D. C. Structure cristalline de la protéine MHC humaine de classe II HLA-DR1 complexée avec un peptide du virus de la grippe. Nature 215-221, 1994

Stern, L. J. et Wiley, D. C. Liaison de peptide antigénique par les protéines d'histocompatibilité de classe I et de classe II. Structure 2 : 245–251, 1994

Stevanović, S. et Rammensee, H.-G. La structure des épitopes des cellules T. Dans M. H. V. Van Regenmortel (éd.) Structure des antigènes, dans la presse

Suh, W. K., Cohendoyle, M. F., Früh, K., Wang, K., Peterson, P. A. et Williams, D. B. Interaction des molécules du CMH de classe I avec le transporteur associé au traitement antigénique. Sciences 264 : 1322–1326, 1994

Sutton, J., Rowland-Jones, S., Roseberg, W., Nixon, D., Gotch, F., Gao, X.-M., Murray, N., Spoonas, A., Driscoll, P., Smith, M., Willis, A. et McMichael, A. Un modèle de séquence pour les peptides présentés aux lymphocytes T cytotoxiques par HLA-B8 révélé par l'analyse des épitopes et des peptides élués. Eur J Immunol 23 : 447–453, 1993

Sweetser, M. T., Morrison, L. A., Braciale, V. L. et Braciale, T. J. Reconnaissance de l'antigène endogène prétraité par les cellules T restreintes au CMH de classe I mais pas de classe II. Nature 342 : 180–182, 1989

Szikora, J. P., Van Pel, A. et Boon, T. La mutation Tum P35b génère le site de liaison au CMH d'un nouveau peptide antigénique. Immunogénétique 37 : 135–138, 1993

Takahashi, H., Cohen, J., Hosmalin, A., Cease, KB, Houghton, R., Cornette, JL, DeLisi, C., Moss, B., Germain, RN et Berzofsky, JA Un épitope immunodominant de la glycoprotéine d'enveloppe du virus de l'immunodéficience humaine gp160 reconnue par les lymphocytes T cytotoxiques murins du complexe majeur d'histocompatibilité de classe I à restriction moléculaire. Proc Natl Acad Sci USA 85 : 3105, 1988

Takahashi, K., Dai, LC, Fuerst, T., Biddison, WE, Earl, P., Moss, B. et Ennis, FA Lyse spécifique des cellules infectées par le virus de l'immunodéficience humaine de type 1 par H HLA-A3.1 -clone de lymphocytes T cytotoxiques CD8 restreint qui reconnaît une séquence peptidique conservée dans la sous-unité gp41 de la protéine d'enveloppe. Proc Natl Acad Sci USA 88 : 10277–10281, 1991

Tarpey, I., Stacey, S., Hickling, J., Birley, HDL, Renton, A., Mcindoe, A. et Davies, DH Les lymphocytes T cytotoxiques humains stimulés par le papillomavirus humain de type 11 E7 à traitement endogène reconnaissent un peptide contenant un motif HLA-A2 (A * 0201). Immunologie 81 : 222–227, 1994

Tevethia, S. S., Lewis, M., Tanaka, Y., Milici, J., Knowles, B., Maloy, W. L. et Anderson, R. Dissection de H-2D b -épitopes de lymphocytes T cytotoxiques restreints sur l'antigène 40 T du virus simien par l'utilisation de peptides synthétiques et H-2D mutants bm. J Virol 64 : 1192–1200, 1990

Todd, J. A., Bell, J. I. et McDevitt, H. O. Le gène bêta HLA-DQ contribue à la susceptibilité et à la résistance au diabète sucré insulino-dépendant. Nature 329 : 599–604, 1987

Townsend, A., Öhlén, C., Bastin, J., Ljunggren, H.-G., Foster, L. et Kärre, K. Association des chaînes lourdes et légères d'histocompatibilité majeure de classe I induites par des peptides viraux. Nature 340 : 443–448, 1989

Townsend, A., Öhlen, C., Rogers, M., Edwards, J., Mukherjee, S. et Bastin, J. Source d'antigènes tumoraux uniques. Nature 371 : 662, 1994

Townsend, A. R., Rothbard, J., Gotch, F. M., Bahadur, G., Wraith, D. et McMichael, A. J. Les épitopes de la nucléoprotéine de la grippe reconnus par les lymphocytes T cytotoxiques peuvent être définis avec de courts peptides synthétiques. Cellule 44 : 959–968, 1986

Traversari, C., Van der Bruggen, P., Luescher, IF, Lurquin, C., Chomez, P., Van Pel, A., De Plaen, E., Amar-Costesec, A. et Boon, T. Un nonapeptide codé par un gène humain MAGE-1 est reconnu sur HLA-A1 par les lymphocytes T cytolytiques dirigés contre l'antigène tumoral MZ2-E. J Exp Med 176 : 1453–1457, 1992

Udaka, K., Tsomides, T. J. et Eisen, H. N. Un peptide naturel reconnu par les lymphocytes T cytotoxiques CD8+ alloréactifs en association avec une protéine de classe I. Cellule 69 : 989–998, 1992

Ukaka, K., Tsomides, T. J., Walden, P., Fukusen, N. et Eisen, H. N. Une protéine omniprésente est la source de peptides naturels qui sont reconnus par un clone de cellule T CD8+. Proc Natl Acad Sci USA 90 : 11272–11276, 1993

Urban, RG, Chicz, RM, Lane, WS, Strominger, JL, Rehm, A., Kenter, MJH, Uytdehaag, FGCM, Ploegh, H., Uchanska-Ziegler, B. et Ziegler, A. Un sous-ensemble de HLA -Les molécules B27 contiennent des peptides beaucoup plus longs que les nonamères. Proc Natl Acad Sci USA 91 : 1534–1538, 1994

Utz, U., Koenig, S., Coligan, JE et Biddison, WE La présentation de trois peptides viraux différents, HTLV-1 Tax, HCMV gB et le virus de la grippe M1, est déterminée par les caractéristiques structurelles communes du HLA-A2. 1 molécule. J Immunol 149 : 214–221, 1992

Van Binnendijk, RS, Versteeg van Oosten, JP, Poelen, MC, Brugghe, HF, Hoogerhout, P., Osterhaus, AD et Uytdehaag, FG Des lymphocytes T cytotoxiques clonés HLA de classe I et HLA de classe II restreints identifient un cluster d'épitopes sur la protéine de fusion du virus de la rougeole. J Virol 67 : 2276–2284, 1993

Van Bleek, G. M. et Nathenson, S. G. Isolement d'un peptide viral immunodominant à partir de la molécule H-2K b de classe I. Nature 348 : 213–216, 1990

Van der Bruggen, P., Traversari, C., Chomez, P., Lurquin, C., De Plaen, E., Van den Eynde, B., Knuth, A., et Boon, T. Un gène codant pour un antigène reconnu par les lymphocytes T cytolytiques sur un mélanome humain. Sciences 254 : 1643–1647, 1991

Venet, A. et Walker, B. D. Epitopes de cellules T cytotoxiques dans l'infection par le VIH SIV. Aides 7 : S117-S126, 1993

Vogt, AB, Kropshofer, H., Kalbacher, H., Kalbus, M., Rammensee, H.-G., Coligan, JE et Martin, R. Ligand motifs de HLA-DRB5 * 0101 et DRB1 * 1501 molécules délimitées à partir d'auto-peptides. J Immunol 153 : 1665–1673, 1994

Von Boehmer, H. La sélection thymique — une question de vie ou de mort. Immunol Aujourd'hui 13 : 454–458, 1992

Walker, BD, Flexner, C., Birch-Limberger, K., Fisher, L., Paradis, TJ, Aldovini, A., Young, R., Moss, B. et Schooley, RT Culture à long terme et bien spécificité des clones de lymphocytes T cytotoxiques humains réactifs avec le type de virus de l'immunodéficience humaine. Proc Natl Acad Sci USA 86 : 9514–9518, 1989

Wallny, H.-J. Untersuchungen zur Rolle der MHC-Klasse-I-Moleküle bei der Prozessierung von Nobenhistokompatibilitätsantigenen, Dissertation Universität Tübingen, 1992

Wallny, H.-J., Deres, K., Faath, S., Jung, G., Van Pel, A., Boon, T. et Rammensee, H.-G. Identification et quantification d'un peptide naturellement présent reconnu par les lymphocytes T cytotoxiques spécifiques d'un variant tumoral immunogène. Int Immunol 4: 1085–1090, 1992

Les molécules Wei, M. L. et Cresswell, P. HLA-A2 dans une cellule mutante traitant l'antigène contiennent des peptides dérivés de la séquence signal. Nature 356 : 443–446, 1992

Weiss, WR, Mellouk, S., Houghten, RA, Sedegah, M., Kumar, S., Good, MF, Berzofsky, JA, Miller, LH et Hoffmann, SL Les cellules T cytotoxiques reconnaissent un peptide de la protéine circumsporozoïte sur hépatocytes infectés par le paludisme. J Exp Med 171 : 763–773, 1990

White, HD, Roeder, DA et Green, WR Un peptide immunodominant à restriction K b de la protéine transmembranaire P15E du virus de la leucémie murine écotrope endogène (Mulv) Akr623 qui restaure la sensibilité d'une lignée tumorale à l'anti-AKR Gross MULV cytotoxique T -lymphocytes. J Virol 68 : 897–904, 1994

Whitton, JL, Tishon, A., Lewicki, H., Gebhard, J., Cook, T., Salvato, M., Joly, E. et Oldstone, MBA Analyses moléculaires d'un T cytotoxique à cinq acides aminés épitope lymphocytaire (CTL) : une région immunodominante qui induit une réactivité croisée des CTL non réciproque. J Virol 63 : 4303–4310, 1989

Wölfel, T., Van Pel, A., Brichard, V., Schneider, J., Seliger, B., Zum Büschenfelde, KHM et Boon, T. 2 tyrosinase nonapeptides reconnus sur les mélanomes HLA-A2 par autologue cytolytique T- Lymphocytes. Eur J Immunol 24 : 759–764, 1994

Wucherpfennig, KW, Sette, A., Southwood, S., Oseroff, C., Matsui, M., Strominger, JL et Hafler, DA Exigences structurelles pour la liaison d'un peptide de base de la myéline immunodominante aux isotypes DR2 et pour sa reconnaissance par des clones de cellules T humaines. J Exp Med 179 : 279–290, 1994

Yanagi, Y., Tishon, A., Lewicki, H., Cubitt, B. A. et Oldstone, M. B. A. Diversité des récepteurs des cellules T dans les lymphocytes T cytotoxiques spécifiques du virus reconnaissant 3 épitopes viraux distincts restreints par une seule molécule du complexe majeur d'histocompatibilité. J Virol 66 : 2527–2531, 1992

Zhang, Q. J., Gavioli, R., Klein, G. et Masucci, M. G. Un motif spécifique de HLA-A11 dans des peptides nonamères dérivés de protéines virales et cellulaires. Proc Natl Acad Sci USA 90 : 2217–2221, 1993

Zhang, W., Young, ACM, Imarai, M., Nathenson, SG et Sacchettini, JC Structure cristalline du complexe majeur d'histocompatibilité de classe I H-2K b molécule contenant un seul peptide viral: implications pour la liaison peptidique et les lymphocytes T reconnaissance des récepteurs. Proc Natl Acad Sci USA 89 : 8403–8407, 1992


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Science

Vol 369, numéro 6506
21 août 2020

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Par Aurélie Fluckiger , Romain Daillère , Mohamed Sassi , Barbara Susanne Sixt , Peng Liu , Friedemann Loos , Corentin Richard , Catherine Rabu , Maryam Tidjani Alou , Anne-Gaëlle Goubet , Fabien Lemaitre , Gladys Ferrere , Lisa Derosa , Connie PM Duongsa , Andréanne Gagné , Philippe Joubert , Luisa De Sordi , Laurent Debarbieux , Sylvain Simon , Clara-Maria Scarlata , Maha Ayyoub , Belinda Palermo , Francesco Facciolo , Romain Boidot , Richard Wheeler , Ivo Gomperts Boneca , Zsofia Sztu Edoardo Pasolli , Nicola Segata , Carlos Lopez-Otin , Zoltan Szallasi , Fabrice Andre , Valerio Iebba , Valentin Quiniou , David Klatzmann , Jacques Boukhalil , Saber Khelaifia , Didier Raoult , Laurence Albiges , Bernard Escudier , Alexander Escudier , Faibth Egger Nistico , François Ghiringhelli , Bertrand Routy , Nathalie Labarrière , Vincent Cattoir , Guido Kroemer , Laurence Zitvogel

Science 21 août 2020 : 936-942

Un bactériophage présent dans les bactéries commensales peut moduler les effets de l'immunothérapie anticancéreuse.


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